Os planos de Lysimaco Ferreira da Costa de se tornar um oficial do Exército tiveram seu curso alterado em novembro de 1904, quando o Rio de Janeiro foi palco de uma violenta revolta popular, secundada pela revolta da Escola Militar do Brasil.
A revolta começou como um movimento contra a vacinação obrigatória, cuja lei havia sido aprovada pelo Congresso Nacional em 31 de outubro de 1904, e por isso ficou conhecido como a Revolta da Vacina36.
No Rio de Janeiro, no início do século XX, a falta de saneamento básico deixava a população vulnerável a epidemias de febre amarela, varíola e outras doenças. As camadas menos favorecidas da população eram as principais vítimas da ineficiência da saúde pública. O presidente Rodrigues Alves decidiu investir no saneamento, apoiando os projetos de reurbanização do centro da cidade do prefeito Pereira Passos, e promovendo uma reforma sanitária. Para conduzir a reforma, nomeou o médico sanitarista Osvaldo Cruz, que passou a chefiar o Departamento Nacional de Saúde Pública.
Sem entender o alcance e a eficácia das medidas e incitadas pelas notícias dos jornais, a população reagiu:
Parece propósito firme do governo violentar a população desta capital por todos os meios e modos. Como não bastassem o Código de Torturas e a vacinação obrigatória, entendeu provocar essas arruaças que, há dois dias já, trazem em sobressalto o povo. Desde ante-ontem que a polícia, numa ridícula exibição de força, provoca os transeuntes, ora os desafiando diretamente, ora agredindo-os, desde logo, com o chanfalho e com a pata de cavalo, ora, enfim, levantando proibições sobre determinadas pontos da cidade (Correio da Manhã, 12/11/1904).
A remoção dos moradores dos cortiços e morros centrais para bairros distantes agravou ainda mais a tensão na capital da República. A oposição criou a Liga contra a Vacina Obrigatória, e, no dia 10, começou o confronto entre populares e forças policiais.
Pela Rua Senhor dos Passos, às 7 horas da manhã, subia uma grande massa de populares, dando morras à vacina obrigatória. Pelos indivíduos que a compunham foram atacados alguns bondes da São Cristóvão. Ao entrar na Praça da República foram virados os seguintes bondes: ns. 140, 95, 113, 27,
55, 105, 87, 101, 38, 41, 85, 56, 31, 13, 130, 101 e 129. Em alguns casos os populares atearam fogo. A Jardim Botânico sofreu também prejuízos. seus carros no Catete e Larangeiras (sic), foram atacados (Gazeta de Notícias, 14/11/1904).
Por parte dos militares, havia uma conspiração para derrubar o governo, chefiada pelo tenente-coronel Lauro Sodré, apoiado nas Escolas Militares (Cf. Carvalho, 2000, p. 127). No dia 14 de novembro, os cadetes da Escola Militar do Brasil rebelaram-se contra o governo federal, que ordenara o bombardeio dos morros do bairro da Saúde, reduto da insurreição.
Os alunos da Escola Militar do Brasil, depois de deporem o general Costallat do comando desse estabelecimento, elegeram, em substituição, o sr. general Travassos e em saída saíram em grupos, naturalmente para se reunirem na praia de Botafogo. Ao seu encontro seguiu do Palácio o 1o de infantaria do
exército, sob o comando do coronel Pedro Paulo Fonseca Galvão (Gazeta de Notícias, 14/11/1904).
Em 16 de novembro, Rodrigues Alves revogou a Lei da Vacina Obrigatória. No dia seguinte, a polícia ocupou o bairro da Saúde e, com o apoio do Exército e da Marinha, acabou com a revolta.
Lysimaco Ferreira da Costa deixou registradas as suas impressões sobre o ocorrido, em um artigo intitulado “O levante de 14 de Novembro”, publicado no jornal Diário da Tarde:
Era a vacina obrigatória o tema de todas as conversações naquela época, não só na Escola Militar do Brasil como em todo o Rio de Janeiro. Os alunos da Escola Militar do Brasil acompanhavam todos os movimentos da população do Rio com simpatia. O Rio fervia; o povo gritava contra a vacina. Lembro- me da impressão que tive quando me disseram que o governo começaria a vacina pelo exército para mostrar ao povo que ela era benéfica... A Escola começou, então, a mostrar verdadeiros movimentos hostis ao governo... Eu era, nessa ocasião, fila esquerda da 1ª secção da 3ª companhia, secção que ficava atrás da bandeira, ao lado da qual seguia Lauro Sodré com oficiais. Reinava grande entusiasmo na Escola no início do levante... Mas grande foi a decepção, logo após a volta dos alunos, que foram ter na Fortaleza de São João com um bravo general do Exército, que foi também sacrificado.
O heróico general Travassos [comandante da Escola] deixou pender a cabeça e nada mais disse: a tudo respondia por monossílabos... A tristeza do general Travassos comunicou-se a todos. Eu estou certo de que naquele instante... ele tinha a certeza de que ia conduzir ao sacrifício esse grupo de moços que constituía a Escola Militar do Brasil, tão inconscientes dos perigos a que se atiravam. Não restava mais dúvida. Nós, alunos, perderíamos, quando muito, o nosso futuro... (Costa, 1995, p. 30)
Pouco antes de morrer, o general Travassos presenteou Lysimaco Ferreira da Costa com sua arma37.
Todos os alunos da Escola Militar do Brasil foram expulsos. Lysimaco Ferreira da Costa, juntamente com outros alunos, foi enviado para a cidade de Rio Grande (RS), no porão de um navio e, depois, levado para Paranaguá, de onde seguiu para Curitiba (Cf. Costa, 1995, p. 30).
Em setembro de 1905, o governo decretou a anistia a todos os alunos que foram expulsos da Escola Militar, mas Lysimaco Ferreira da Costa não retornou para o Exército. Para ele, a Revolta de 1904 significou uma alteração profunda nos planos que ele e seu falecido pai traçaram para o seu futuro. Em contrapartida, a formação que recebeu nas escolas militares e os laços de amizade que estabeleceu foram decisivos em diversos momentos da sua vida.