A influência do regime militar sobre o INEP é assim definido pelo próprio Instituto (INEP. A trajetória do Inep): “O Golpe Militar de 64 implantou no País um regime autoritário e inaugurou um período obscurantista que produziriam, entre outros retrocessos, um lento e contínuo esvaziamento do Inep.”. O AI-5, em 1968, e o recrudescimento da repressão fecharam os espaços institucionais que ainda restavam para o debate crítico sobre a educação, levando ao completo alijamento do INEP do processo de formulação das políticas educacionais.
Após o golpe, Anísio Teixeira foi afastado da direção do INEP pelo novo regime. “Com a sua ênfase à escola pública e à democratização educacional, ele se situava muito à esquerda para quem se encontrava na área direita conservadora.” (CASTRO, 1999, p. 8), embora também fosse criticado pela esquerda, por suas posições liberais. Seu lugar foi assumido por Carlos Pasquale, que manteve o papel relevante do INEP, através de ações como o Censo Escolar, a regulamentação do salário-educação, o Anuário Brasileiro de Educação e a instituição da Conferência Nacional de Educação. Na análise de Saavedra (1988, p. 69-70) a indicação de Pasquale tinha a intenção de destruir o trabalho de Anísio, pois este era um defensor da educação pública e gratuita, enquanto aquele era ligado ao Sindicado das Escolas Particulares de Ensino Superior e do Ensino Secundário. Entretanto, isso que não aconteceu de imediato, pois ele manteve praticamente a mesma estrutura do CBPE, então o órgão central do Instituto.
Analisando o conteúdo dos dois números da RBEP publicados logo após o golpe de 64, Rothen (2005) destaca as seguintes manifestações, as quais indicam que o INEP se alinhou ao novo regime, ou pelo menos, não se opôs a ele:
[...] o Inep não irá contra as decisões dos governantes militares relativas à ordem pública; não há ruptura da normalidade legal com o golpe; o Inep ainda continua vinculado a Anísio Teixeira; a grande reforma educacional a ser realizada é a universitária; e o Conselho Federal de Educação é o órgão que deve realizar a reforma universitária, com o apoio das pesquisas realizadas pelo Inep. (ROTHEN, 2005, p. 201)
Em 1966, Pasquale assumiu a Secretaria de Educação do Estado de São Paulo, passando a direção do INEP a ser ocupada por Carlos Mascaro, que era funcionário de carreira do Instituto e tinha ligações com Anísio Teixeira. Sob sua direção, o INEP participou do Grupo Nacional de Desenvolvimento das Construções escolares, mediante estudos e treinamento de pessoal e, também participou da Comissão do Livro Técnico e do Livro Didático (COLTED). A gestão de Mascaro foi marcada pela desconfiança por parte dos militares com relação às atividades do INEP, que encontrava apoio no então Ministro da Educação Raimundo Moniz de Aragão. Em abril de 1969, Guido Ivan de Carvalho assumiu a direção do INEP até março de 1970, sendo substituído por Walter de Toledo Piza, que o dirigiu até janeiro de 1972. Este período foi marcado por tentativas, todas sem sucesso, de reestruturação do INEP através de iniciativas de seus diretores. Já Carlos Mascaro havia tentado tornar o Instituto autônomo, com a intenção de fortalecê-lo. Depois, Carvalho, em 1969, buscou transformá-lo em uma fundação. E finalmente, Walter Piza elaborou estudos para sua remodelação, incluindo a extinção dos Centros Regionais. Segundo Saavedra (1988, p. 79), a dificuldade para a reestruturação do Instituto prejudicou suas atividades, pois seus técnicos mais qualificados saíam em busca de melhores salários e não havia possibilidade de novas contratações.
Também foi um período de redimensionamento das ações do Instituto, diante de eventos significativos no contexto educacional. O primeiro fora a aprovação da primeira Lei de Diretrizes e Bases, ainda em 1961, a qual aprofundou o caráter descentralizador proposto na Constituição de 1946. “Já não caberia ao MEC, na nova moldura institucional, construir escolas, capacitar professores e técnicos e realizar outras funções de que, afinal, havia sido encarregado num período de notório centralismo da administração pública nacional.” (CASTRO, 1999, p. 8). Outro evento influenciador foi a Reforma Universitária, de 1968, que associou o ensino, a pesquisa e a extensão; ainda no âmbito universitário, a criação da Pós- graduação, notoriamente em função de atividades de pesquisa, o que minimizou a importância do INEP enquanto instituto de pesquisa. Segundo Saavedra (1988, p. 80), as atividades do Instituto se limitavam aos programas conjuntos com organismos internacionais, às ações de documentação e publicação e resposta aos questionários oriundos de todas as regiões do país e do exterior, fruto do prestígio que o INEP alcançara na década de 1950.
Em janeiro de 1972, assumiu a direção o Cel. Ayrton de Carvalho Mattos, um militar sem vínculo significativo com a educação, com a tarefa de dar nova orientação ao Instituto, pois este era considerado esquerdista. No mesmo ano, em 20 de novembro, o Decreto nº
71.407 reestruturou o INEP, que recebeu a denominação de Instituto Nacional de Estudos e Pesquisas Educacionais, ficando sujeito a supervisão do Secretário Geral do Ministério da Educação e Cultura, e mantendo a autonomia administrativa e financeira que lhe fora assegurada pelo Decerto nº 66.967, de 1970. Sua finalidade era de, “como órgão central de direção superior, exercer todas as atividades necessárias ao estímulo, coordenação, realização e difusão da pesquisa educacional no País.” (BRASIL, Decreto n. 71.407) Verifica-se, pois, uma mudança quanto à sua competência, deixando de ser o órgão responsável por realizar as pesquisas educacionais, para assumir a função primordial de estimular e coordenar a pesquisa, que passara a ser realizada primordialmente nos programas de pós-graduação. Embora o art. 2º do Decreto 71.407 mantivesse o CBPE e os CREP como integrantes da estrutura do INEP, os Centros Regionais começaram a ser extintos ainda em 1972, como o de São Paulo, com a justificativa de que suas atividades tinham sido agregadas às universidades ou às secretarias de educação dos Estados (SAAVEDRA, 1988, p. 84). Desmontada a estrutura de pesquisa, que havia sido constituída por Anísio Teixeira, o INEP reduziu sua atuação a tarefa de financiar as pesquisa e de divulgá-las. Estas atividades foram inseridas em dois programas lançados por Mattos: o Programa Anísio Teixeira, voltado para o estudo, levantamento e pesquisas, e o Programa Lourenço Filho, destinado a criação de um subsistema de documentação e informação educacional.
Em agosto de 1976, substituindo Francisco Cruz Barbosa, que permaneceu na direção por apenas cinco meses, assumiu o Instituto, Maria Mesquita Siqueira e sob sua direção a sede foi transferida do Rio de Janeiro para Brasília. Saavedra (1988) assim testemunha o processo de mudança: “Foi a primeira vez que os funcionários a viram. Não houvera sequer tempo nem oportunidade para um conhecimento do que se fazia no CBPE. Não houve qualquer argumento que modificasse a situação. Era mudar ou sair, simplesmente.” (SAAVEDRA, 1988, p. 132) A mudança gerou a redução do número de funcionários, bem como de seu acervo bibliográfico, já que a sua biblioteca foi doada à Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ).
No ano seguinte, com o Decreto nº 79.809, de 14 de junho, foi extinto o Centro Brasileiro de Pesquisas Educacionais, considerado o órgão pensante do Instituto, com a justificativa de que não era mais necessário um órgão responsável pela pesquisa, visto que esta fora assumida pelas universidades. O mesmo decreto definiu as competências do INEP:
I - Coordenar a pesquisa educacional no País, estabelecendo, anualmente, em consonância com as entidades interessadas, um programa de estudos,
pesquisas e experimentação de âmbito nacional, complementando com a manutenção de um fluxo permanente de informações;
II - estimular a pesquisa educacional no País, mediante apoio financeiro a entidades que tiverem seus projetos incluídos no programa anual, prestar assistência técnica para elaboração e ou desenvolvimento de projetos e colaborar no preparo de recursos humanos;
III - realizar pesquisas educacionais básicas e aplicadas constantes no programa anual;
IV - difundir trabalhos desenvolvidos pelo órgão, bem como trabalhos de outras fontes, que contribuam para o aprimoramento da educação nacional; V - operar e manter um sistema de documentação e informações educacionais que apoie a realização de estudos, pesquisas e experimentação e possibilite ao INEP exercer sua função de órgão coordenador da pesquisa educacional no País. (BRASIL, Decreto n. 79.809)
Embora o texto mantenha a tríplice função do Instituto, presente desde sua fundação, de estudo, documentação e divulgação de dados, percebe-se a mudança de direção quanto a pesquisa propriamente dita, como já fora indicada pelo Decreto nº 71.407. A sua função é de coordenar, estimular e difundir a pesquisa, que agora é realizada por “entidades interessadas”. A realização de pesquisas é reduzida a “pesquisas básicas e aplicadas”.
Em março de 1979, Letícia Maria Santos de Faria, técnica de carreira do Instituto, assume a direção, dando ênfase no aperfeiçoamento do pessoal. Sob a direção de Hélcio Ulhôa, a partir de 1981, o INEP assume uma postura de mediação entre o MEC e a comunidade acadêmica, seja pela colaboração de acadêmicos no Instituto, seja pela definição das linhas de pesquisa.
[...] a linha de Fomento, destinada ao apoio técnico-financeiro a projetos encaminhados por instituições, fortalecendo a demanda espontânea de fora para dentro, ou seja, apoiando a diagnose feita pelos próprios pesquisadores das necessidades do estudo científico das questões educacionais; a linha de Demanda, voltada para dentro do MEC, isto é, para o atendimento às solicitações das Secretarias-fim no sentido de oferecer o conhecimento da realidade educacional. Essa “linha” caracterizaria a mediação do INEP entre o MEC e a comunidade educacional. (SAAVEDRA, 1988, p. 103-104)
Também as atividades de documentação foram aprimoradas com a reorganização do sistema de documentação histórica do Instituto e, especialmente, com criação do Sistema de Informações Bibliográficas em Educação, Cultura e Desporto (SIBE), operado por meio de uma rede de bibliotecas e centros de documentação, tendo como núcleo central o Centro de Informações Bibliográficas do MEC (CIBEC). Quanto às publicações, além da continuidade da RBEP, passaram a ser publicados dois novos periódicos: a revista Em Aberto e o
Informativo, tendo este a função de divulgar as realizações do Inep e a revista, o objetivo refletir e debater temas educacionais sob diferentes pontos de vista.
Em abril de 1983, a direção do Instituto é assumida por Lena Castello Branco Ferreira Costa, que relança a RBEP, com nova estrutura, a qual representou continuidade e mudança, pois “manteve o compromisso de contribuir para o aperfeiçoamento da educação, mas adotando, para este fim, uma postura de cooperação com os outros bons periódicos surgidos nas últimas décadas” (SAAVEDRA, 1988, p. 107). Com a reestruturação da RBEP, ela passou a ter “o duplo papel de ser um veículo do debate dos interessados sobre questões educacionais e de divulgação das políticas, projetos e idéias do MEC.” (ROTHEN, 2005, p. 215)