O conflito entre o Paraguai e a Tríplice Aliança (Brasil, Argentina e Uruguai) ocorrido entre 1864 a 1870, mais conhecido como Guerra do Paraguai, teve como um dos principais palcos de batalha o mesmo território habitado secularmente pelos povos Guaná e Guaicuru. Conforme demonstrado anteriormente, eles já mantinham contatos regulares com os habitantes da fronteira, sobretudo na parte sul da Província. Diante disso, na ocasião dos conflitos, muitos deles acabaram se aliando aos brasileiros através de um recrutamento compulsório que foi incidido inclusive sobre negros, forros, escravos e homens desocupados em condição de lutar na guerra. Neste período a preocupação central dos governantes da Província era proteger as fronteiras de Mato Grosso, portanto, procuravam manter os povos indígenas e os demais recrutados sempre próximos a elas (ALMEIDA, 2008).
Durante a guerra, o governo imperial contou com a intensa participação e vigilância dos Guaicuru-cavaleiros para defesa de suas fronteiras. Esta estratégia foi provavelmente um dos principais fatores que ajudaram o Brasil a vencer o conflito, afinal, eles, assim como outros indígenas, conheciam muito bem a região e por isso foram requisitados pelos militares para serem seus guias e aliados. Os Kinikinau, por sua vez, socorriam as forças militares com seus mantimentos, assim como já faziam anteriormente.
Por conhecerem bem os territórios da Província, diferentes grupos prestavam serviços também na abertura de trilhas e outros tipos de trabalho, como o fornecimento de lenha para vapores que transportavam pessoas e cargas ou o sepultamento dos mortos em combate. Os Kinikinau, os Xamacoco, os Kayapó, os Terena e os Layana foram mencionados em manuscritos relacionados ao período da guerra, como os que socorriam as forças militares com mantimentos. Os Guaicuru, os Terena e os Guaná ocuparam as frentes de batalha no episódio da Retirada da Laguna e depois em solo Paraguaio (ALMEIDA, 2008: 3).
Na Guerra do Paraguai, toda a população regional, junto com as populações indígenas, se unia para se defender do inimigo comum. Tornados soldados, eles queriam, antes de tudo, expulsar os inimigos que trariam morte e destruição para seu povo, pois acreditavam estar protegendo a sua gente e o seu espaço. Muitos deles voltavam dos ataques paraguaios carregando consigo fuzis, munições, tecidos, terçados (sabres), uniformes velhos e diplomas recebidos de oficiais brasileiros, como prova de sua presença nas fileiras de guerra, sendo que alguns Guaná chegaram inclusive a receber condecorações e gratificações em dinheiro. Os demais indígenas que moravam entre Miranda e Albuquerque, na ocasião das batalhas,
abandonaram seus lares se dispersando e buscando refúgio em locais inacessíveis de mata densa, dificultando assim o acesso e o ataque repentino das tropas inimigas.
Alfredo d'Escragnolle Taunay em “Entre os nossos índios - Chanés, Terenas, Kinikinaus, Guanás, Laianas, Guatós, Guaycurus, Caingangs” reafirma que se subdividiam os chamados Chané em quatro ramificações: os Terena, os Laiana, os Kinikináu e os Guaná (ou Chooronós), e para ele “de todos os autochtones, são os últimos os mais dóceis e civilizados” (TAUNAY, 1931: 16). O escritor, que participou da guerra do Paraguai como engenheiro- militar, relata o tipo físico e outras atribuições que foram observadas por ele em relação aos Kinikinau, descrevendo algumas de suas particularidades:
O typo kinikináu mostra-se muito diverso dos dous precedentes; traz os homens estampadas no rosto, a apathia e a placidez: as feições, são regulares, e até certo ponto bellas, embora nada vivazes.
E-lhe muito diminuta a força de trabalho. Passa os dias, deitado sobre um couro pellado, sem saudades do passado, nem apprehensões do futuro: cultiva com grande custo, alguns cereaes que a família come á proporção da colheita; [...]
São as suas mulheres bellas; pela mistura de raças, fácil nesta tribu mais relacionada com os brancos e negros e a estes encostada. A cor lhes é de um amarelo escuro de canella (caburé) ou de um branco ligeiramente rosado. Neste caso, tem as faces delicadamente coradas; a tez pura, os lábios rubros, as gengivas vermelhas. Quase todas comprehendem o português: fazem esforços para o falar, apesar do acanhamento que em tal caso mostram experimentar (idem, ibidem: 18).
Os Guaicuru e os Guaná consideraram os castelhanos como inimigos ancestrais e irreconciliáveis: “os guanás, kinikináus e laianos mostravam a sua solidariedade para conosco; ao passo que os terênas de longe nos observam muito esquivos” (idem, ibidem: 26). A principal razão da solidariedade Guaicuru com o exército imperial se deu provavelmente através de indisposições geradas entre eles e seus vizinhos do outro lado do rio Paraguai que, mesmo após terem se estabelecido no lado brasileiro, invadiam diversas vezes para pilhagens e saques o território vizinho. Os Kadiwéu, representantes dos Guaicuru, segundo ele, assumiram durante a guerra uma atitude mais infensa a qualquer branco, atacando os paraguaios na linha do rio Apa e também assassinando famílias inteiras.
Taunay dedica algumas páginas para relatar o caso do jovem Pacalalá, um Kinikinau que assumiu o papel de porta-voz de sua gente levando propostas e reclamações aos moradores de Miranda, principalmente diante das tentativas recorrentes de exploração dos índios pelos novos ocupantes locais. Este jovem, segundo ele, possuía a roça mais farta da vizinhança, com colheitas de abóbora, milho, feijão e arroz.
Por ocasião da invasão das tropas paraguaias em suas terras, este jovem indígena conduziu as demais etnias da vizinhança ao abandono de suas aldeias rumo a locais mais
inacessíveis aos inimigos, embrenhando-se principalmente na Serra de Maracaju. No trajeto ao refúgio, o engenheiro-militar menciona que Pacalalá (o jovem Kinikinau), coordenou um “saque” a um local repleto de armas, a fim de munir todos os indígenas, inclusive os Kadiwéu que estavam junto deles, para resistirem e atirarem nos castellanos inimigos. Junto a seus comandados, todos dotados de muita coragem, armaram uma emboscada ao exército do Paraguai que se aproximava da Serra de Maracaju e o seu grande feito foi matar o comandante da patrulha.
Durante a migração para as novas terras, o autor ainda observa: “vergavam as pobres mulheres ao peso do nadô, grande rede de malhas, em forma de saco, suspensa de tira de couro applicada a testa do portador” (idem, ibidem: 31). Os Chanés-Guaná e os Mbayá- Guaicuru permaneceram na Serra de Maracaju juntamente a outros refugiados, por cinco anos, ou seja, durante o tempo em que durou a guerra do Paraguai: “Nos diversos acampamentos da serra construíram-se ranchos vastos e commodos, e, pouco a pouco, regularizou-se o modo de viver daquellas colônias hybridas, de brasileiros civilisados e índios, sobretudo Kinikináus, a que se haviam aggregado guanás, terenas e laianos” (idem, ibidem: 35).