Os microssatélites ou STRs (Short Tandem Repeats), como referidos anteriormente e incluídos no tipo de marcadores polimórficos VNTRs, são sequências simples de 1 a 6 pares de bases, repetidas em tandem entre 10 e 30 vezes e intercaladas ao acaso no genoma de todos os organismos eucariotas (Goldstein e Schötterer, 2001; Martinez, 2001).
Consoante a sua composição, podem representar três famílias diferentes: 1) perfeitas, contendo um único motivo nucleotídico repetido n vezes (e.g. …CACACACACA…); 2) compostas, formadas por dois ou mais motivos repetidos (e.g. …CACAGAGAGA…); e interrompidas ou imperfeitas, contendo uma sequência não repetitiva intercalada entre as repetições (e.g. …CACATTCACATTCA…) (Martinez, 2001; Pires e Ginja, 2004).
Estas sequências repetidas que compõem os microssatélites, das quais a mais frequente e estudada é a repetição (CA) n / (GT) n,encontram-se flanqueadas por outras
sequências de nucleótidos únicas e conhecidas denominadas por iniciadores ou primers (Dávalos Aranda, 2002). Desta forma, os microssatélites são facilmente identificados e utilizados como marcadores, sendo fáceis de amplificar mediante a técnica de PCR (Groenen et al., 2003).
A variabilidade associada aos loci relativos a microssatélites, que se traduz no elevado número de alelos associado a estes marcadores, constitui uma fonte considerável de variação genética (Paszek et al., 1998). São ainda herdados de forma codominante, pelo que é possível a identificação directa dos indivíduos homo e
heterozigóticos em cada locus (Scribner e Pearce, 2000; Wright e Bentzen, 1994 citados por Ginja, 2002).
Estes marcadores apresentam elevadas taxas de mutação (10-2 a 10-5 /gâmeta/geração) quando comparados com os SNPs (Vignal et al., 2002; Pires e Ginja, 2004) e são, regra geral, não codificantes e com funções não totalmente identificadas no genoma, apenas com algumas hipóteses de funcionalidade, nomeadamente a manutenção da estrutura dos cromossomas (facilitando a sua condensação na meiose), ligados a um incremento/redução da velocidade de transcrição de um gene e relacionados com pontos de alta frequência de recombinação (Nordheim e Rich, 1983; Gross e Garrad, 1986; Murphy e Stringer, 1986 citados por Martinez, 2001). Consideram-se neutros no que respeita a efeitos de selecção, já que normalmente não se encontram em zonas codificantes do genoma (Vignal et al., 2002).
Os microssatélites apresentam-se muito conservados entre espécies próximas e os iniciadores empregues para amplificar uma determinada sequência numa espécie servem, por vezes, para amplificação de sequências análogas noutras espécies (Moore, et al., 1991 citado por Martinez, 2001).
Este tipo de marcador molecular apresenta boa reprodutibilidade, com elevada precisão e com baixos esforços de genotipagem dos indivíduos numa população, com técnicas relativamente fáceis de detecção, análise e automação, para além do alto polimorfismo exibido, fornecendo muita informação (Vignal et al., 2002; Pires e Ginja, 2004; Groenen et al., 2003).
Como principais problemas e/ou limitações associados a estes marcadores salientam-se (Martínez, 2001; Ginja, 2002; Vignal et al., 2002; Rothschild, 2003; Pires e Ginja, 2004; Dávalos Aranda, 2002; Martínez e Vega-Pla, 2002; Peischl et al., 2005) as elevadas taxas de mutação já referidas, a obrigatoriedade do conhecimento das regiões flanqueadoras e dos primers, a possível presença de alelos nulos, a possibilidade de homoplasia, a dificuldade em se compararem os resultados de diferentes laboratórios devido a eventuais diferenças na estimação dos tamanhos dos alelos, as alterações na reacção de PCR com possível adição de uma base extra, alterando também o tamanho dos fragmentos obtidos, a complexidade na leitura e interpretação dos resultados obtidos (quando comparados com os SNPs por exemplo).
No entanto, e ainda que com algumas limitações, os microssatélites afirmaram-se como um dos principais tipos de marcadores moleculares para estudos da genética das
nomeadamente em suínos, tendo por base este tipo de marcador (Laval et al., 2000; Martinez, 2001; Li et al., 2004; Paszek et al., 1998; Hua Yue et al., 1999; Peischl et al., 2005), com a sua recomendação para a investigação por parte da FAO/ISAG (FAO, 2004), sendo a bateria de microssatélites recomendados para suínos, por estas instituições, as que apresentam maior aceitação e concordância na realização de estudos em zootecnia (Baumung et al., 2004).
Os campos de aplicação dos microssatélites são vastos no que respeita a investigação em produção animal. Podem ser usados na análise de populações, examinando a variabilidade de uma série de loci intra e intergrupos, determinando distâncias e similitudes genéticas (Signer et al., 2000), na análise de parentescos, com realização de testes de paternidade e de ligamento de diferentes loci (Martínez e Vega- Pla, 2002; Nagamine e Higuchi, 2001; Martínez, 2001; Ferreira, 2004). Para estudos de diversidade genética, o sangue é o tipo preferencial de amostragem, assim como os microssatélites são os marcadores de referência na maioria dos trabalhos (Baumung et al., 2004), bem como para estudos de períodos de divergência entre populações, mais ou menos recentes, com a elaboração de árvores filogenéticas (Paszek et al., 1998; Ruane, 1999a).
Outro aspecto importante dos STRs é a sua utilidade na análise da estrutura populacional, mapeamento genético, com elaboração de mapas de ligamento, permitindo uma rápida genotipagem e pesquisa de QTLs (Quantitative Trait Loci – loci associados com caracteres quantitativos) de interesse em suínos (Goldstein e Schötterer, 2001; Martínez, 2001; Hua Yue, 1999).
Os procedimentos mais utilizados para determinar o interesse de um marcador nas análises de ligamento são o cálculo do índice de heterozigotia (H) e o conteúdo de informação polimórfica (PIC), representando o H a proporção de indivíduos heterozigóticos numa população e o PIC serve para medir a capacidade informativa de um marcador genético polimórfico (Botstein et al., 1980; Martinez, 2001; Martínez e Vega-Pla, 2002).
Em relação ao estudo das estruturas populacionais por intermédio de microssatélites, podem usar-se para calcular o tamanho efectivo de uma população (Ne) e também para estudar sub-estruturas de populações, grau de migração entre elas e suas relações genéticas (Allen et al., 1995; Gotelli et al., 1994 e Estoup et al., 1996 citados por Martínez, 2001; Goldstein e Schötterer, 2001).
II.8.4. Selecção de microssatélites para estudos de caracterização genética de