Em função do Pentágono não ter um plano viável para mover tropas de solo para o Afeganistão, a Agência Central de Inteligência assumiu o papel de liderança na configuração de um plano de guerra no encontro de doze de setembro de 2001 – no que George Tenet chamou de o “Gabinete de Guerra” (HERSPRING, 2008: 78). O plano de ação da CIA apontava para o uso de uma equipe paramilitar da própria agência e aviões não-tripulados Predador dentro do Afeganistão, para trabalhar com as forças de oposição ao Talebã, especialmente a Aliança do Norte, e preparar o terreno para a inserção das Forças Especiais do Exército norte-americano. A CIA vinha operando no Afeganistão há um bom tempo – ao menos desde que os soviéticos estiveram lá nos anos 1980. A CIA conhecia as tribos, os grupos étnicos, os líderes, a cultura e, em algum nível, os idiomas, e também quem iria e quem não iria cooperar com os EUA.
Como Tommy Franks apontou, o CENTCOM não tinha desenvolvido um plano para operações convencionais de solo no Afeganistão. Também não tinha as costuras diplomáticas para a instalação de bases, vôos e acessos necessários aos vizinhos do Afeganistão. Assim, o
CENTCOM começou a trabalhar contra o relógio, enquanto movimentava navios, aviões e tropas para ficar em posição para atacar a al-Qaeda e remover o regime Talebã. Entre as opções oferecidas pelo CENTCOM, a escolhida por Rumsfeld foi aquela que favorecia mísseis de cruzeiro, bombardeiros e Forças Especiais. Em um encontro em Camp David em 15 de setembro de 2001, enquanto o foco principal era o Afeganistão, Paul Wolfowitz tentou introduzir novamente o Iraque na equação. Ele argumentava que seria mais fácil invadir o Iraque. Todos os presentes votaram contra atacar o Iraque (Rumsfeld se absteve). O general Shelton, em conversa reservada com Bush, disse que atacar o Iraque romperia a balança de poder no Oriente Médio, além de que não havia informações ligando Saddam Hussein ao onze de setembro (HERSPRING, 2008: 78).
O fato da CIA, e não o Departamento de Defesa, ter assumido o controle da resposta norte-americana foi algo que irritou Donald Rumsfeld. No processo de decisão sobre um plano militar, Rumsfeld e Franks concordavam que a força de solo estadunidense deveria ser pequena – ambos queriam evitar a repetição da experiência soviética, que envolveu grandes números de tropas em situação perigosa em um Afeganistão hostil. Aliás, seria novidade lutar uma guerra usando uma força nativa local: a Aliança do Norte, reforçada apenas com Forças de Operações Especiais, equipes da Agência Central de Inteligência e apoio de fogo aéreo (HERSPRING, 2008: 79-82).
A ação militar começou no dia sete de outubro de 2001. No final de setembro, equipes encobertas da CIA haviam sido inseridas no Afeganistão. Essas equipes da inteligência, com as Forças Especiais e aliados locais juntariam suas forças para derrotar o Talebã. As equipes norte-americanas se juntaram à Aliança do Norte em 20 de outubro e mais ou menos em cinco de novembro eles estavam atacando Mazar-e-Sharif, a cidade mais importante do norte afegão. Todavia, ninguém tinha decidido que tipo de governo seria colocado depois da derrota do Talebã. Segundo o jornalista Bob Woodward, Bush era contra o uso dos militares estadunidenses para missões de construção de nações. Uma vez que o trabalho estivesse realizado, as forças dos Estados Unidos não seriam mantenedoras da paz. Ao contrário, seria a CIA e as suas malas de dinheiro que organizariam o país novamente (WOODWARD apud HERSPRING, 2008: 85).
Um dos aspectos mais confusos da guerra era saber quem estava no comando. Em um encontro com o presidente Bush e o general Franks em 15 de setembro de 2001, Rumsfeld trouxe esta questão. Ele sugeriu que o comando operacional da CIA fosse dado ao Pentágono. Em 19 de outubro de 2001, cinco semanas após os eventos de onze de setembro, as Forças
Especiais chegaram ao solo afegão. Agora, em vez de apenas bombardear o regime Talebã, o Departamento de Defesa poderia fazer uma contribuição importante no solo. A CIA estaria sob as ordens do CENTCOM. Porém, as equipes da agência de inteligência sabiam muito mais sobre as particularidades do Afeganistão do que os militares. George Tenet recebeu um relatório de Rumsfeld em 25 de outubro de 2001; escrito pela Agência de Inteligência de Defesa (Defense Intelligence Agency – DIA, a agência de inteligência militar do Pentágono), mostrava como o Departamento de Defesa estava mal informado sobre o Afeganistão.
No meio de novembro, Mazar-e-Sharif caiu e, pouco tempo depois, Cabul. O Talebã e a al-Qaeda estavam na defensiva. Kandahar caiu no dia sete de dezembro. A Aliança do Norte, seus aliados pashtuns e os EUA agora controlavam o país. No final, apenas 110 agentes da CIA e 316 soldados das Forças Especiais derrubaram o regime Talebã. Osama bin Laden, membros da al-Qaeda e alguns talebã recuaram para as montanhas no leste, próximo à fronteira com o Paquistão. A região (Tora Bora) não era apenas acidentada e alta, mas também estava em uma área aonde os governos centrais (do Afeganistão e Paquistão) tinham apenas controle limitado. Isso incluia um amplo complexo de cavernas construido pelos mujahideens nos anos 1980. As cavernas estavam equipadas com comida, água, armas, eletricidade e um sistema de ventilação. Os afegãos se esconderam lá durante a guerra contra o Exército soviético. Muitas das cavernas iam até o Paquistão (HERSPRING, 2008: 85).
Tommy Franks decidiu então enviar unidades das Forças Especiais que levavam equipamento especial de comunicação que permitia que chamassem o poder aéreo quando necessário. Eram apoiados por milícias tribais afegãs. Alguns analistas acreditam que, se Washington tivesse enviado um número maior de tropas, Osama bin Laden e seus seguidores poderiam ter sido capturados ou mortos. A decisão parece ter sido de Franks. O plano era forçar a al-Qaeda e o Talebã do alto das montanhas para dentro das cavernas e, então, bombardeá-las. As Forças Especiais e seus aliados chegaram ao alto das montanhas e forçaram a al-Qaeda para dentro das cavernas, que foram bombardeadas com bombas poderosas de penetração. Todavia, aparentemente Osama bin Laden fugiu para o Paquistão.