Após o descobrimento do Brasil, os portugueses não se preocuparam em guarnecer e defender seus domínios. Isto permitiu que outras nações fizessem incursões à costa brasileira para extração da riqueza das terras descobertas, especialmente o pau- brasil. Na Baía da Guanabara haviam desembarcado as expedições de Dias de Sólis, em 1511, Fernão Magalhães, em 1519 e Martim Afonso de Souza em 1531. Os franceses eram vistos com frequência no litoral brasileiro; e fizeram contatos com tribos indígenas e nutriram o sonho de colonizar parte do novo território português. Esse projeto foi levado a cabo pelo vice-almirante Nicolas Durand de Villegaignon e contou com o apoio do almirante Gaspard de Coligny, influente estadista e futuro líder dos calvinistas franceses, os huguenotes (THOMAZ, 1981, p. 60).
Villegaignon, com apoio do rei Henrique II, reuniu um bom número de homens, recrutados em diversos lugares, inclusive em prisões, e partiu da França em julho de 1555, chegando à Baía da Guanabara em novembro do mesmo ano. Após a chegada e a instalação numa pequena ilha, conhecida como França Antártica, surgiram problemas devido ao temperamento agressivo do comandante, da escassez de alimento, do trabalho árduo e da índole nada recomendável dos recrutados para a incursão colonizadora. Diante dos problemas Villegaignon escreveu ao reformador francês João Calvino, que naquela ocasião estava em Genebra liderando a reforma da cidade, pedindo-lhe que enviasse pastores e auxiliares para promover maior consciência moral e religiosa nos seus comandados em terras brasileiras (CRESPIN, 2007, p. 25-34).
Calvino acolheu a solicitação e enviou uma comitiva de 14 pessoas incluindo dois pastores: Pierre Richier e GuilaumeChartier. Chegando ao Brasil em 10 de março de 1557, após longa viagem, a Comitiva, por ordem de Villegaignon, reuniu-se
juntamente com todos habitantes da ilha onde o pastor Richier, que era doutor em Teologia, foi convidado a realizar o primeiro culto evangélico no Brasil, pregando um sermão com base no salmo vinte e sete. Começaram a desenvolver as atividades visando o ensino e a proclamação dos valores cristãos e da fé reformada: pregações e orações diárias, celebrações da Santa Ceia,maior número de pregações e atividades em geral aos domingos seguindo os pressupostos reformados (CRESPIN, 2007, p. 30).
O padre José de Anchieta(1933, p. 157) refere-se equivocadamente a todos os franceses como huguenotes e os denomina como hereges enviados por João Calvino. Ressalta a presença dos dois pastores “aos quais lhe chamam Ministros” cuja finalidade era“ensinar o que haviam de ter e crer”. Descreve que apesar de divergências de opiniões uns dos outros,“concordavam nisto que servissem a Calvino e a outros letrados, e logo que eles respondessem isto, guardariam todos. Neste mesmo tempo um deles ensinava as artes liberais, grego, hebraico, e era mui versado nas Sagradas Escrituras”
Por razões não muito claras, Villegaignon, após um entusiasmo inicial, passou a questionar os fundamentos da fé dos pastores e auxiliares, o que o levou a expulsá-lo das terras brasileiras em março de 1557. Devido à sobrecarga do navio, cinco membros da comitiva, Pierre Bourdon, Jean Du Bourdel, MathiueVeneuil, André La Fone Jacques Le Balleur,tiveram que regressar as terras brasileiras e aqui foram condenados pelo vice-almirante como traidores e hereges(CRESPIN, 2007, p. 34-54).
Decidido a executá-los por heresia, o comandante formulou um questionário sobre pontos doutrinários e lhes deu doze horas para responder por escrito. Dispondo de um exemplar das Escrituras, redigiram a resposta ao comandante,a qual resultou numa Confissão de Fé com 17 artigos que versava sobre assuntos como trindade, sacramentos, casamento, votos, orações pelos mortos (CRESPIN, 2007, p. 53). Foram condenados. Três foram enforcados e jogados ao mar: Pierre Bourdon, Jean Du Bourdel, MathiueVeneuil. André La Fon retratou-se declarando que não queria ser obstinado em suas ideias calvinistas, e ficou preso na fortaleza, servindo como alfaiate do comandante e seus homens. Jacques Le Balleur conseguiu fugir e chegou à capitania de São Vicente. Era versado em espanhol, latim, grego e hebraico, e ali começou a pregar e ensinar. Os jesuítas, descontentes com suas ações e com o grande número de adeptos,conseguiram ordens para prendê-lo. Foi encarcerado por oitos anos, e depois executado pelas mãos do padre José de Anchieta (POMBO, 1958, p. 514).
O padre Luiz de Grã, que correra de Piratininga a São Vicente, vendo que não podia abafar a voz do Calvinista, tratou de remetê-lo preso à Bahia, onde governava Mem de Sá e Pontificava Pedro Leitão. Foi em 1559. Sempre resoluto em suas convicções, penou Le Balleur nos cárcere da metrópole brasileira. Em 1567 dirigiu-se Mem de Sá ao Rio de Janeiro para expelir os franceses, trazendo preso ao séquito o herege calvinista, que foi levado a forca. Induzindo por de falsa caridade, o venerável José de Anchieta prestou-se então a servir de auxiliar de carrasco para abreviar os sofrimentos do padecente, que, no seu entender, estava arrependido. A demora poderia levá-lo à obstinação. (LESSA, 2010, p. 15).
Os jesuítas tinham a noção do perigo da colônia francesa no Brasil, pela influencia dos huguenotes, os protestantes reformados franceses. O padre Manuel da Nóbrega conseguiu despertar a corte de Lisboa e foram, depois de quatro anos, dadas ordens ao Governador Geral Mem de Sá para atacar e expulsar os invasores. A corte da França estava atarefada em massacrar e queimar os huguenotes e não deu muito importância aos acontecimentos ocorridos no Brasil. Após a vitória o Governador- Geral, delineou novos planos para a cidade, chamando-a doravante de São Sebastião, em homenagem ao santo, sob cujo patrocínio venceu a luta, e ao então Rei de Portugal (KIDDER, 2001, p. 29-32).
Eis como se refere o Padre Anchieta(1933, p. 160) à tomada do forte Coligny:“Tomou-se, pois, a fortaleza em que se achou grande cópia de coisas de guerra e mantimentos, mas cruz alguma, imagem de Santo, ou sinal algum de católica doutrina se não achou, mas grande multidão de livros heréticos”.