KIM-prosjektet

4.2. Análise filogenética de dados moleculares com sequências cortadas (Figuras 20, 21, 22 e 23);

4.3. Análise filogenética de caracteres morfológicos binários (a/p) (Figuras 24 e 25); 4.4. Análise filogenética de caracteres morfológicos multiestados (Figuras 26 e 27); 4.5. Análise filogenética de caracteres concatenados (morfológicos e moleculares) (Figuras 28, 29 e 30a-f).

4.1. Análise filogenética com dados moleculares completos

Os resultados foram divididos de acordo com os métodos estabelecidos durante a análise. Primeiramente, se utilizou as sequências moleculares completas de 18S rRNA disponíveis no Genebank. Foram utilizados em primeira análise sequências parciais completas, utilizando o método descrito anteriormente. Desta forma, foram obtidas duas árvores mais parcimoniosas para um conjunto completo de dados contendo 1.975 caracteres. As árvores filogenéticas apresentaram tamanhos de 4.425, CI 54, RI 47. A regra de maioria suportou com 100% de probabilidade os táxons internos (Fig. 16). Em relação aos grupos externos, Pettiboneia urciensis, Cirriformia tentaculata e Polydora ciliata foram incluídas dentro do grupo interno, e apenas Eunice vittata ficou em posição mais basal. Sabellariidae, Sabellidae e Serpulidae apareceram em posição mais basal e foram unidos, embora Polydora ciliata apareceu entre eles. Arenicolidae e Maldanidae foram unidos, e apareceu como grupo irmão de Terebellida. Grande parte dos Terebellida foi reunida, com exceção de Pectinariidae e Terebelides stroemii (Trichobranchidae), que aparecem em outras posições e como clado mais basal. Amphitritides gracilis e Loimia medusa (Terebellidae) foram unidas, e apareceu como grupo irmão de Mellina sp., Anobothos gracilis (Ampharetidae), Terebellides californica (Trichobranchidae) e Paralvinella palmiformis + Paralvinella grassiei (Alvinellidae), sequencialmente. Phoronida e Pterobranchia foram suportados, mas em posições diferentes. Os membros de

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Oweniidae permaneceram como grupo irmão de Frenulata e Vestimentifera (Pogonophora). Toriida não foi suportado com nessa análise.

Em relação ao cladograma com valores estatísticos de bootstraps com 50% de probabilidade, e com exemplo de reposição (Fig. 17), os grupos internos foram mais padronizados, e as famílias foram em grande maioria obtidas como monofiléticas, cujos valores de suporte foram relativamente altos. Sedentaria foi suportado com 100% de valor

Figura 16. Regra de maioria de duas árvores filogenéticas mais parcimoniosas para o conjunto de dados moleculares completos da molécula parcial de 18S rRNA, com tamanho 4.425, CI 54, RI 57. Grupo externo letra preta; azul escuro para os Capitellida; verde para os Terebellida; laranja para os Chaetopteridae; vermelho para os Sabellida; azul turquesa para os Phoronida e magenta para os Pterobranchia. (EUN – Eunicidae, DOR – Dorvilleidae, SPI – Spionidae, CIR – Cirratulidae, CAP – Capitellidae, ARE – Arenicolidae, MAL – Maldanidae, CHA – Chaetopteridae, PEC – Pectinariidae, TER – Terebellidae, TRI – Trichobranchidae, AMP – Ampharetidae, ALV – Alvinellidae, SAL – Sabellariidae, SAB – Sabellidae, SER – Serpulidae, OWE – Oweniidae, FRE – Frenulata, VES – Vestimentifera, PHO – Phoronida, PTE – Pterobranchia).

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de bootstraps, que incluiu Pettiboneia urciensis, Cirriformia tentaculata e Polydora ciliata. O táxon Terebellida, com exceção de Pectinariidae e Terebelides stroemii foi suportado com 72% de bootstraps. Oweniidae e Pogonophora (Frenulata e Vestimentifera) foram reunidos com 14% de suporte, ou seja, fracamente suportado. Entre as famílias investigadas, apenas Capitellidae, Trichobranchidae e Ampharetidae não foram suportadas, e as espécies que representaram essas as famílias apareceram junto a espécies de famílias diferentes.

Figura 17. Valores de bootstraps de duas árvores filogenéticas mais parcimoniosas para o conjunto de dados moleculares completos da molécula parcial de 18S rRNA. Note que sedentária apresentou 100% probabilidade de suporte de bootstraps. Grupo externo letra preta; azul escuro para os Capitellida; verde para os Terebellida; laranja para os Chaetopteridae; vermelho para os Sabellida; azul turquesa para os Phoronida e magenta para os Pterobranchia. (Indicação da família ao lado da espécie, ver tabela 00, no texto). (EUN – Eunicidae, DOR – Dorvilleidae, SPI – Spionidae, CIR – Cirratulidae, CAP – Capitellidae, ARE – Arenicolidae, MAL – Maldanidae, CHA – Chaetopteridae, PEC – Pectinariidae, TER – Terebellidae, TRI – Trichobranchidae, AMP – Ampharetidae, ALV – Alvinellidae, SAL – Sabellariidae, SAB – Sabellidae, SER – Serpulidae, OWE – Oweniidae, FRE – Frenulata, VES – Vestimentifera, PHO – Phoronida, PTE – Pterobranchia). Números vermelhos indicam abaixo de 50% de suporte.

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O cladograma com valores de jackknife com 36% de remoção probabilidade se apresentou com a topologia semelhante ao cladograma de bootstraps, embora, seus valores tenham sido alterados (Fig. 18). Terebellida, com exceção de Pectinariidae e Terebelides stroemii foi suportado com 85% de jackknife, enquanto Oweniidae, Frenulata e Vestimentifera (Pogonophora) foram unidos com 18% de suporte.

Figura 18. Valores de jackknife de duas árvores filogenéticas mais parcimoniosas para o conjunto de dados moleculares completos da molécula parcial de 18S rRNA. Note que sedentária apresentou 100% probabilidade de suporte de jackknife. Grupo externo letra preta; azul escuro para os Capitellida; verde para os Terebellida; laranja para os Chaetopteridae; vermelho para os Sabellida; azul turquesa para os Phoronida e magenta para os Pterobranchia. (Indicação da família ao lado da espécie, ver tabela 00, no texto). (EUN – Eunicidae, DOR – Dorvilleidae, SPI – Spionidae, CIR – Cirratulidae, CAP – Capitellidae, ARE – Arenicolidae, MAL – Maldanidae, CHA – Chaetopteridae, PEC – Pectinariidae, TER – Terebellidae, TRI – Trichobranchidae, AMP – Ampharetidae, ALV – Alvinellidae, SAL – Sabellariidae, SAB – Sabellidae, SER – Serpulidae, OWE – Oweniidae, FRE – Frenulata, VES – Vestimentifera, PHO – Phoronida, PTE – Pterobranchia). Números vermelhos indicam abaixo de 50% de suporte.

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Para o cladograma com suporte de symmetric resampling com 33% com mudança de probabilidade, os valores também foram alterados, mas a sua topologia permaneceu semelhante à topologia apresentada nos dois anteriores (Fig. 19). Terebellida, com exceção de Pectinariidae e Terebelides stroemii foi suportado com 85% de symmetric resampling, e Oweniidae, Frenulata e Vestimentifera (Pogonophora) foram unidos com 18% de suporte. Todos os valores foram obtidos a partir de 1.000 repetições.

Figura 19. Valores de Symmetric Resampling de duas árvores filogenéticas mais parcimoniosas para o conjunto de dados moleculares completos da molécula parcial de 18S rRNA. Note que sedentária apresentou 100% probabilidade de suporte de Symmetric Resampling. Grupo externo letra preta; azul escuro para os Capitellida; verde para os Terebellida; laranja para os Chaetopteridae; vermelho para os Sabellida; azul turquesa para os Phoronida e magenta para os Pterobranchia. (Indicação da família ao lado da espécie, ver tabela 00, no texto). (EUN – Eunicidae, DOR – Dorvilleidae, SPI – Spionidae, CIR – Cirratulidae, CAP – Capitellidae, ARE – Arenicolidae, MAL – Maldanidae, CHA – Chaetopteridae, PEC – Pectinariidae, TER – Terebellidae, TRI – Trichobranchidae, AMP – Ampharetidae, ALV – Alvinellidae, SAL – Sabellariidae, SAB – Sabellidae, SER – Serpulidae, OWE – Oweniidae, FRE – Frenulata, VES – Vestimentifera, PHO – Phoronida, PTE – Pterobranchia). Números vermelhos indicam abaixo de 50% de suporte.

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4.2. Análise filogenética de dados moleculares com sequências