Após sua aprovação, o movimento preocupou-se com a efetiva implantação da lei, para o que seriam necessários a fiscalização e o incentivo à denúncia de casos que configurassem uma das condutas vedadas por ela. Pareceu natural ao movimento que a fiscalização deveria partir daqueles voluntários que haviam coletado as assinaturas e que eram todos os autores da lei. A coordenação do movimento enxergava no sentimento de autoria por parte desses voluntários a ligação para que estes continuassem envolvidos e mobilizados com o projeto, garantindo sua aplicação.
Surgiu então a idéia de criar os Comitês 9840, nome em alusão à lei aprovada. Os Comitês, organizados de forma voluntária e informal, teriam como atribuição mobilizar a sociedade em cada local de atuação, difundindo o
conhecimento sobre a lei aprovada e atuando como fiscais do processo eleitoral. Na visão de lideranças do movimento, os Comitês eram necessários, sobretudo, pelo fato de que os Juízes e Promotores Eleitorais ainda não haviam tomado consciência do potencial da Lei 9840. Assim, o foco de ação do movimento deslocava-se do Poder Legislativo para o Poder Judiciário.
Os Comitês, de caráter local, começaram a se multiplicar em diversos estados do Brasil. Folhetos e um roteiro foram produzidos e distribuídos aos milhares para explicar o que era a lei, sua origem, o que denunciar, quais formulários utilizar, como fundamentar as denúncias e como apresentá-las ao promotor. Os voluntários dos Comitês tiveram que aprender as exigências legais da produção de provas e a forma de funcionamento da Justiça eleitoral para poder denunciar os abusos.
A própria redação do roteiro guarda uma história interessante de aproximação entre o movimento e o Judiciário. O roteiro havia sido escrito na CBJP, mas com receio de que pudesse ter alguma incorreção do ponto de vista jurídico, decidiram pedir ao TSE que revisasse o material. O pedido foi feito ao então presidente do Tribunal, que o acolheu e disse que um assessor faria a revisão. Segundo Francisco Whitaker, entrevistado para esse trabalho, houve surpresa ao descobrirem que o presidente havia confiado a tarefa ao ministro Fernando Neves, que acabou se tornando um grande defensor da lei quando os casos começaram a chegar ao TSE:
Então são coisas muito interessantes que vem nesses processos sociais, há uma conjugação de fatores, quer dizer, não é nada muito previsto, previsível, depende muito das circunstâncias, de ele encontrar um ministro disposto a dar essa mão, ou um ministro se convencer de que vale a pena e se transformar num batalhador da tese. Isso tudo foi ajudando, mas o fato é que esse início foi muito bravo.
Nas eleições municipais de 2000, houve muita denúncia, mas houve ao mesmo tempo uma grande frustração entre os participantes do movimento, pois a Justiça Eleitoral não estava preparada para a implantação da lei. Um dos TREs, de Santa Catarina, chegou a dizer, nos primeiros casos que analisou, que a lei era inconstitucional.
Os resultados foram mais expressivos a partir do momento em que o Tribunal Superior Eleitoral (TSE), recebendo recursos impetrados pelos candidatos prejudicados, se envolveu definitivamente no processo.
O ministro Nelson Jobim, no depoimento de Francisco Whitaker, teve grande papel nesse sentido. Quando assumiu a presidência do TSE em 2001, as lideranças do movimento foram falar com ele, pedindo apoio na implantação da lei. Ele já vinha apoiando a lei anteriormente, na discussão sobre sua constitucionalidade. Para o entrevistado, Nelson Jobim teria percebido que o TSE ganharia credibilidade se auxiliasse a fazer a lei funcionar. Assim se dispôs a fazer campanha junto aos TREs para que a aplicação da lei ganhasse mais eficácia nas eleições de 2002.
Destaca-se nesse processo, a atuação de alguns ministros na criação de jurisprudência que viria a dar maior estabilidade à nova lei. A extinção da redação ―(todo candidato) ou alguém por ele‖, por exemplo, foi recuperada, já que, no entendimento dos ministros, o espírito da lei era justamente esse, pois dificilmente um candidato carregaria sozinho uma cesta básica para a casa de uma pessoa, mas sim alguém enviado por ele.
Outro apoio fundamental vindo do Judiciário foi a partir do envolvimento de juízes e promotores. Um deles, o juiz Márlon Reis, de Balsas, no Maranhão, teve papel fundamental e tornou-se um dos membros da coordenação nacional do movimento. Logo após a lei aprovada, o juiz começou um trabalho de divulgação da lei nas escolas. Ele criou um grupo de 15 jovens juízes e promotores na região que se articulou para lutar contra a corrupção no sul do Maranhão, realizando comícios da justiça eleitoral (Francisco Whitaker, em entrevista para este trabalho).
Esse apoio e as condenações cada vez mais bem fundamentadas, somada a atuação do TSE, foram criando cada vez mais segurança para que os TREs que duvidavam da lei começassem a compreendê-la e a adotá-la. A partir daí, os próprios candidatos passaram a se fiscalizar mutuamente.
Apesar do foco no Poder Judiciário, o movimento continuou atento ao Legislativo. De acordo com Francisco Whitaker foram treze as tentativas de alteração da Lei 9840 no Congresso desde sua aprovação. O MCCE era avisado desses novos projetos pelos deputados e funcionários apoiadores do movimento. As lideranças do movimento buscavam então conversar com o deputado que havia
apresentado o projeto, pedindo que o retirasse. Também mobilizavam pressão interna e externa ao Congresso para que o projeto não fosse em diante. Nas eleições de 2006, por exemplo, um deputado federal tentou restringir o número de dias para a entrada de representação por corrupção eleitoral de 60 para cinco, mas o movimento mobilizou outros deputados que impediram essa alteração.