No decorrer de suas investigações, a CNV publicou relatórios parciais que foram apresentados em sessões públicas, com transmissão ao vivo pela internet. O primeiro relatório parcial foi apresentado em 18 de fevereiro de 2014 e tratou da configuração preliminar das instalações militares onde ocorreram as graves violações de DH. O segundo relatório foi divulgado em 27 de fevereiro de 2014, na cidade do Rio de Janeiro, e abordou o caso Rubens Beyrodt Paiva, um ex-deputado federal que foi detido ilegalmente, torturado e morto em janeiro de 1971. O terceiro relatório foi apresentado em 25 de março de 2014, no Rio de Janeiro, e tratou da Casa da Morte, centro clandestino de repressão localizado em Petrópolis (RJ). O quarto relatório foi publicizado em 7 de abril de 2014, na cidade de São Paulo, e versou sobre os centros clandestinos existentes em todo o Brasil na década de 1970. O quinto relatório foi divulgado em 22 de abril de 2014, em Brasília, e tratou da morte do presidente Juscelino Kubitschek. O sexto relatório foi apresentado em 29 de abril de 2014, no Rio de Janeiro, e abordou o caso Riocentro, um atentado que ocorreu em 1981, na mesma cidade. O sétimo relatório foi divulgado em 9 de junho de 2014, no Rio de Janeiro, e tratou do caso Stuart Angel Jones, um militante político que foi detido ilegalmente, torturado e morto em junho de 1971. Seus restos mortais e os de Rubens Paiva ainda não foram localizados. O oitavo e último relatório parcial foi apresentado em 29 de agosto de 2014, em Brasília, e abordou o caso Epaminondas Gomes de Oliveira, um líder comunitário que desapareceu em agosto de 1971. A CNV localizou, identificou e entregou os seus restos mortais à sua família.
O Relatório Final da CNV foi divulgado em três volumes (Brasil, 2014a; Brasil, 2014b; Brasil, 2014c) e contabilizou 434 mortos e desaparecidos políticos, sendo 191 mortos
localizados, sendo um deles durante as atividades da CNV. A Comissão não considera que o relatório final é definitivo em relação ao número de vítimas e que as investigações devem ser continuadas, com ênfase nos camponeses e indígenas. Também reconheceu que, mesmo com todo o empenho, não foi possível esclarecer a maioria dos casos de morte e desaparecimento, no período de 1964 a 1988, designados à sua investigação. A CNV deixou claro que esses casos poderiam ter sido esclarecidos se as Forças Armadas não tivessem impedido o acesso aos acervos do Centro de Inteligência do Exército (CIE), Centro de Informação da Aeronáutica (CISA) e Centro de Informações da Marinha (Cenimar).
A CNV, em seu relatório final (Brasil, 2014a), concluiu que foram comprovados: (a) graves violações dos DH entre 1946 e 1988, com destaque para o período ditatorial (1964- 1985); (b) o caráter generalizado e sistemático das graves violações dos DH perpetradas pelo Estado brasileiro durante o período investigado; (c) a ocorrência de crimes contra a humanidade e; (d) a persistência do quadro de graves violações dos DH no Brasil atual, mesmo não sendo mais num contexto de repressão política. Ainda segundo o Relatório final da CNV, a persistência da denúncia de torturas culminou na aprovação da Lei nº 12.847/2013, que trata da prevenção e combate desse crime.
Em seu Relatório final (Brasil, 2014a), a CNV fez 29 recomendações, sendo 17 medidas institucionais, 8 sugestões de reformulação normativa e 4 medidas de continuidade das ações da CNV:
(a) Medidas institucionais: que as Forças Armadas reconheçam sua responsabilidade institucional pelas graves violações dos DH realizadas durante a DM, tanto pela participação militar quanto pela utilização de espaços do Exército, Marinha e Aeronáutica para a ocorrência das violações; responsabilização jurídica dos agentes públicos envolvidos nas violações dos DH ocorridas no período de investigação da CNV, bem como retirada de seu direito à anistia; aplicação de medidas administrativas e judiciais contra agentes públicos
responsáveis pela condenação do Estado brasileiro por prática de graves violações dos DH, com o objetivo de ressarcir o Estado pelas despesas com indenizações; proibição de eventos oficiais comemorativos do golpe de 1964; modificação dos processos seletivos e de avaliação contínua nas Forças Armadas e na segurança pública, priorizando o conhecimento dos DH e da democracia; reformulação do conteúdo curricular ministrado nas academias policiais e militares, priorizando o conhecimento dos DH e da democracia; correção da causa de morte nas certidões de óbito de vítimas de graves violações dos DH; revisão de informações na Rede de Integração Nacional de Informações de Segurança Pública, Justiça e Fiscalização (Rede Infoseg) e nos demais registros públicos sobre as vítimas de perseguição política no período de 1946 a 1988; intensificação da prevenção e combate à tortura; desvinculação dos institutos médicos legais e dos órgãos de perícia criminal das secretarias de segurança pública e da polícia civil; mais investimento na defensoria pública; humanização do sistema prisional e do tratamento dispensado aos presos e; assegurar atendimento médico e psicossocial permanente às vítimas de graves violações dos DH.
(b) Reformas constitucionais e legais: revogação da Lei de Segurança Nacional; aperfeiçoamento da legislação brasileira para a tipificação dos crimes contra a humanidade e de desaparecimento forçado e; desmilitarização das polícias militares estaduais; abolição da Justiça Militar estadual.
(c) Medidas de seguimento das ações e recomendações da CNV: criação de órgãos permanentes para dar continuidade às atribuições da CNV; continuidade das buscas por localização, identificação e entrega dos restos mortais dos desaparecidos políticos aos familiares ou responsáveis; preservação da memória das graves violações dos DH (Ex.: tombamento e preservação dos centros de repressão, criação do Museu da Memória em Brasília, alteração do nome de logradouros, vias de transporte, prédios e instituições públicas federais, estaduais ou municipais que façam referência aos agentes de violência) e;
continuidade da localização e abertura dos arquivos do período ditatorial.
Quanto à participação civil no golpe de 1964 e na manutenção do regime ditatorial, a própria CNV admite, em seu relatório final (Brasil, 2014c), que foi crucial a colaboração civil com esses processos. O golpe de 1964 contou com o apoio de alguns dos governadores dos principais estados brasileiros, como Carlos Lacerda (Guanabara), Ademar de Barros (São Paulo), Magalhães Pinto (Minas Gerais), Ildo Meneghetti (Rio Grande do Sul) e Mauro Borges (Goiás). Algumas entidades que estiveram à frente na luta pela redemocratização do Brasil, como a Conferência Nacional dos Bispos do Brasil (CNBB), a Ordem dos Advogados do Brasil (OAB) e a Associação Brasileira de Imprensa (ABI) apoiaram a retirada de Jango do poder. O Instituto Brasileiro de Ação Democrática (IBAD) e o Instituto de Pesquisas e Estudos Sociais (IPES) foram entidades de cunho político, empresarial e militar que, articuladas, conspiraram para a implantação do golpe de 1964 e deram suporte à manutenção do projeto militar.