Um outro grupo de leveduras que se verificou ser ubíquo no filoplano das plantas estudadas pertence igualmente à linhagem Erythrobasidium. Estas leveduras são caracterizadas pela formação de culturas de cor rosa translúcido, em meio MYP, com textura bastante mucosa. Foram caracterizadas 11 destas estirpes, semelhantes entre si, e outras filogeneticamente próximas que se supõe representarem novas espécies.
A análise do dendrograma apresentado na Figura 3.23 evidencia a formação de um grupo algo heterogéneo compreendendo as 11 estirpes referidas e que parece estarem filogeneticamente próximas de Rh. cf. slooffiae (Figura 3.18). Observa-se ainda a formação de um grupo que incluí dois perfis de MSP-PCR semelhantes e correspondentes a uma espécie não reconhecida, Rhodotorula sp. nov. 2, filogeneticamente próxima de Occultifur
externus (Figura 3.18), e a presença de um perfil único correspondente a outra espécie, Rhodotorula sp. nov. 1 (Figura 3.18). De referir que o perfil obtido para a estirpe tipo de
Capítulo III
0,01
Erythrobasidium cf. hasegawianum A1 (3PVF3) Erythrobasidium cf. hasegawianum A1 (5CVF18) Erythrobasidium cf. hasegawianum A2 (5OSF8) Erythrobasidium cf. hasegawianum A2 (5QSF20) Erythrobasidium cf. hasegawianum B (3PVF2) Erythrobasidium cf. hasegawianum B (3CSF14) Erythrobasidium cf. hasegawianum B (6CSF5) Erythrobasidium cf. hasegawianum C (1PVF4) Erythrobasidium cf. hasegawianum D (2CVFm22) Erythrobasidium cf. hasegawianum D (5QVF14)
Erythrobasidium hasegawianum AF444522
Erythrobasidium cf. hasegawianum E (5ArS3) Erythrobasidium cf. hasegawianum F (2AVF1)
Erythrobasidium cf. hasegawianum F (3PVF6) Erythrobasidium cf. hasegawianum F (1PSF1) Erythrobasidium cf. hasegawianum F (3CSF15)
Erythrobasidium cf. hasegawianum F (6OSF1)
Sporobolomyces yunnanensis AB030353
Erythrobasidium cf. hasegawianum G (2AVF19)
Sporobolomyces elongatus AF444561 1 1 3-5 2-3 3-4 4-7 4-7 4-7 0-1 2-4 3-4 1 4-8 8-11 0,01 Erythrobasidium cf. hasegawianum A1 (3PVF3) Erythrobasidium cf. hasegawianum A1 (5CVF18) Erythrobasidium cf. hasegawianum A2 (5OSF8) Erythrobasidium cf. hasegawianum A2 (5QSF20) Erythrobasidium cf. hasegawianum B (3PVF2) Erythrobasidium cf. hasegawianum B (3CSF14) Erythrobasidium cf. hasegawianum B (6CSF5) Erythrobasidium cf. hasegawianum C (1PVF4) Erythrobasidium cf. hasegawianum D (2CVFm22) Erythrobasidium cf. hasegawianum D (5QVF14)
Erythrobasidium hasegawianum AF444522
Erythrobasidium cf. hasegawianum E (5ArS3) Erythrobasidium cf. hasegawianum F (2AVF1)
Erythrobasidium cf. hasegawianum F (3PVF6) Erythrobasidium cf. hasegawianum F (1PSF1) Erythrobasidium cf. hasegawianum F (3CSF15)
Erythrobasidium cf. hasegawianum F (6OSF1)
Sporobolomyces yunnanensis AB030353
Erythrobasidium cf. hasegawianum G (2AVF19)
Sporobolomyces elongatus AF444561 1 1 3-5 2-3 3-4 4-7 4-7 4-7 0-1 2-4 3-4 1 4-8 8-11 69 85 80 66 51 96 62 88 80 0,01 Erythrobasidium cf. hasegawianum A1 (3PVF3) Erythrobasidium cf. hasegawianum A1 (5CVF18) Erythrobasidium cf. hasegawianum A2 (5OSF8) Erythrobasidium cf. hasegawianum A2 (5QSF20) Erythrobasidium cf. hasegawianum B (3PVF2) Erythrobasidium cf. hasegawianum B (3CSF14) Erythrobasidium cf. hasegawianum B (6CSF5) Erythrobasidium cf. hasegawianum C (1PVF4) Erythrobasidium cf. hasegawianum D (2CVFm22) Erythrobasidium cf. hasegawianum D (5QVF14)
Erythrobasidium hasegawianum AF444522
Erythrobasidium cf. hasegawianum E (5ArS3) Erythrobasidium cf. hasegawianum F (2AVF1)
Erythrobasidium cf. hasegawianum F (3PVF6) Erythrobasidium cf. hasegawianum F (1PSF1) Erythrobasidium cf. hasegawianum F (3CSF15)
Erythrobasidium cf. hasegawianum F (6OSF1)
Sporobolomyces yunnanensis AB030353
Erythrobasidium cf. hasegawianum G (2AVF19)
Sporobolomyces elongatus AF444561 1 1 3-5 2-3 3-4 4-7 4-7 4-7 0-1 2-4 3-4 1 4-8 8-11 0,01 Erythrobasidium cf. hasegawianum A1 (3PVF3) Erythrobasidium cf. hasegawianum A1 (5CVF18) Erythrobasidium cf. hasegawianum A2 (5OSF8) Erythrobasidium cf. hasegawianum A2 (5QSF20) Erythrobasidium cf. hasegawianum B (3PVF2) Erythrobasidium cf. hasegawianum B (3CSF14) Erythrobasidium cf. hasegawianum B (6CSF5) Erythrobasidium cf. hasegawianum C (1PVF4) Erythrobasidium cf. hasegawianum D (2CVFm22) Erythrobasidium cf. hasegawianum D (5QVF14)
Erythrobasidium hasegawianum AF444522
Erythrobasidium cf. hasegawianum E (5ArS3) Erythrobasidium cf. hasegawianum F (2AVF1)
Erythrobasidium cf. hasegawianum F (3PVF6) Erythrobasidium cf. hasegawianum F (1PSF1) Erythrobasidium cf. hasegawianum F (3CSF15)
Erythrobasidium cf. hasegawianum F (6OSF1)
Sporobolomyces yunnanensis AB030353
Erythrobasidium cf. hasegawianum G (2AVF19)
Sporobolomyces elongatus AF444561 1 1 3-5 2-3 3-4 4-7 4-7 4-7 0-1 2-4 3-4 1 4-8 8-11 69 85 80 66 51 96 62 88 80 Outgroup
Figura 3.22. Árvore filogenética baseada na análise das sequências nucleotídicas da região ITS do
rDNA de leveduras relacionadas com Erythrobasidium hasegawianum, linhagem Erythrobasidium, classe Urediniomicetas, obtida com o método Neighbor-Joining (distância: K2P). A robustez da árvore foi testada com uma análise de bootstrap utilizando 1000 repetições. A escala indica as substituições acumuladas por cada 100 nucleótidos. Em frente de cada espécie é indicado o número de acesso do GenBank para a sequência correspondente. As sequências determinadas neste estudo estão realçadas a laranja. Nalguns casos é indicado o número de bases diferentes entre as sequências de algumas estirpes.
Capítulo III
Figura 3.23. Dendrograma de isolados de leveduras da classe Urediniomicetas, linhagem
Erythrobasidium, relacionadas com o grupo Rhodotorula minuta, construído com base na comparação de perfis de bandas de DNA obtidos por MSP-PCR com o primer M13 (Coeficiente de Pearson; programa informático GelCompar). T – Estirpe Tipo; – Estirpe seleccionada para sequenciação da região D1/D2; – Estirpe para a qual foi realizada a identificação fenotípica completa.
Rhodotorula sp. nov. 2 (5ArS5) Rhodotorula sp. nov. 2 (2CVF13) Rhodotorula minuta (PYCC 4790T)
Rhodotorula slooffiae (CBS 5706T)
Rhodotorula cf. slooffiae (A2CSV2) Rhodotorula cf. slooffiae (6QSF4) Rhodotorula cf. slooffiae (4AVF1) Rhodotorula cf. slooffiae (1PVF1) Rhodotorula cf. slooffiae (2CVFm10) Rhodotorula cf. slooffiae (A5QVV1) Rhodotorula cf. slooffiae (3CVF25) Rhodotorula cf. slooffiae (3PVF1) Rhodotorula cf. slooffiae (5AVF3) Rhodotorula cf. slooffiae (5PSF2) Rhodotorula cf. slooffiae (2QSF2) Rhodotorula pallida (PYCC 4888T)
Occultifur externus (PYCC 4817T)
Rhodotorula laryngis (CBS 2221T) Rhodotorula sp. nov. 1 (5CVF4) 100 90 80 70
Rhodotorula sp. nov. 2 (5ArS5) Rhodotorula sp. nov. 2 (2CVF13) Rhodotorula minuta (PYCC 4790T)
Rhodotorula slooffiae (CBS 5706T)
Rhodotorula cf. slooffiae (A2CSV2) Rhodotorula cf. slooffiae (6QSF4) Rhodotorula cf. slooffiae (4AVF1) Rhodotorula cf. slooffiae (1PVF1) Rhodotorula cf. slooffiae (2CVFm10) Rhodotorula cf. slooffiae (A5QVV1) Rhodotorula cf. slooffiae (3CVF25) Rhodotorula cf. slooffiae (3PVF1) Rhodotorula cf. slooffiae (5AVF3) Rhodotorula cf. slooffiae (5PSF2) Rhodotorula cf. slooffiae (2QSF2) Rhodotorula pallida (PYCC 4888T)
Occultifur externus (PYCC 4817T)
Rhodotorula laryngis (CBS 2221T) Rhodotorula sp. nov. 1 (5CVF4) 100 90 80 70
Rhodotorula sp. nov. 2 (5ArS5) Rhodotorula sp. nov. 2 (2CVF13) Rhodotorula minuta (PYCC 4790T)
Rhodotorula slooffiae (CBS 5706T)
Rhodotorula cf. slooffiae (A2CSV2) Rhodotorula cf. slooffiae (6QSF4) Rhodotorula cf. slooffiae (4AVF1) Rhodotorula cf. slooffiae (1PVF1) Rhodotorula cf. slooffiae (2CVFm10) Rhodotorula cf. slooffiae (A5QVV1) Rhodotorula cf. slooffiae (3CVF25) Rhodotorula cf. slooffiae (3PVF1) Rhodotorula cf. slooffiae (5AVF3) Rhodotorula cf. slooffiae (5PSF2) Rhodotorula cf. slooffiae (2QSF2) Rhodotorula pallida (PYCC 4888T)
Occultifur externus (PYCC 4817T)
Rhodotorula laryngis (CBS 2221T) Rhodotorula sp. nov. 1 (5CVF4) 100 90 80 70
Rhodotorula sp. nov. 2 (5ArS5) Rhodotorula sp. nov. 2 (2CVF13) Rhodotorula minuta (PYCC 4790T)
Rhodotorula slooffiae (CBS 5706T)
Rhodotorula cf. slooffiae (A2CSV2) Rhodotorula cf. slooffiae (6QSF4) Rhodotorula cf. slooffiae (4AVF1) Rhodotorula cf. slooffiae (1PVF1) Rhodotorula cf. slooffiae (2CVFm10) Rhodotorula cf. slooffiae (A5QVV1) Rhodotorula cf. slooffiae (3CVF25) Rhodotorula cf. slooffiae (3PVF1) Rhodotorula cf. slooffiae (5AVF3) Rhodotorula cf. slooffiae (5PSF2) Rhodotorula cf. slooffiae (2QSF2) Rhodotorula pallida (PYCC 4888T)
Occultifur externus (PYCC 4817T)
Rhodotorula laryngis (CBS 2221T) Rhodotorula sp. nov. 1 (5CVF4) 100 90 80 70 • •
Capítulo III Rh. slooffiae não se assemelha aos apresentados pelos representantes de Rh. cf. slooffiae
(Figura 3.23).
As três estirpes de Rh. cf. slooffiae para as quais se determinou a sequência da região D1/D2 do rDNA 26S apresentam algumas diferenças nesta região (Figura 3.18). Estas diferenças, em conjunto com as apresentadas nos perfis de MSP-PCR, sugerem estarmos na presença de um novo grupo complexo. Podemos ter uma ideia da heterogeneidade das estirpes identificadas como Rh. slooffiae pela árvore filogenética apresentada na Figura 3.24, na qual se incluem, além das sequências determinadas neste trabalho, algumas outras disponíveis em bases de dados públicas referentes a esta espécie. Tal como no caso das estirpes relacionadas com Ery. hasegawianum, as sequências da região D1/D2 apresentam um máximo de duas diferenças entre si, sendo necessário mais estudos sobre a sistemática deste grupo.