I perioden etter 2003 opplevde HJK en jevnere utvikling av struktur, volum og kapasiteter. Avdelingen hadde akkumulert nødvendig erfaring til å stake ut en kurs som bidro til å utvikle et mer helhetlig og troverdig system for å kunne møte moderne utfordringer på en fleksibel måte.
FSK/HJK ble i 2009 organisert etter regimentsstrukturen. Avdelingen hadde da bygd opp en solid kapasitet som inkluderte systemer for å løse hele spekteret av moderne oppdrag.
Den andre norske deployeringen til Afghanistan skjedde i 2003. Regjeringen sto fortsatt for den samme linjen og ville bidra i koalisjonen av villige nasjoner. Forskjellen fra den første deployeringen var at det denne gangen
kom sterkere motstand fra SV og Stortinget (Devold, 2010). Parallelt spurte amerikanerne om Norge kunne stille et spesialstyrkebidrag til Irak. Denne forespørselen ble ikke etterkommet (Røhne, 2003), men HJK ble sendt til Operasjon Enduring Freedom i Afghanistan.
Avdelingen hadde i mellomtiden benyttet perioden hjemme til å fordøye erfaringer fra forrige deployering. En ny deployering var forventet, og HJK ville utbedre mangler fra forrige operasjon. Avdelingen trente på aktuelle operasjonsmetoder, herunder operasjoner med bruk av kjøretøy og offensive operasjoner i større forband. Det ble også anskaffet materiell og utstyr som skulle sikre interoperabilitet og øke den operative evnen.
Den første måneden på Bagram flyplass medførte stillstand for avdelingen. Den amerikanskledede koalisjonen ønsket å benytte det norske spesialstyrkebidraget under et konvensjonelt hovedkvarter. Norge anså dette for å være et brudd på doktrinen for spesialoperasjoner og tidligere avtaler med amerikanerne, og valgte å fastholde et krav om at styrken skulle operere under spesialstyrkehovedkvarteret CJSOTF-A.20 Saken gikk til forsvarssjefen, som selv måtte bidra til en løsning (Frisvold, 2010).
Etter en måneds frustrert venting på Bagram iverksatte HJK kjøretøyoppsatte rekognoseringsoperasjoner i områder definert som «sorte hull». Dette var områder hvor det ikke fantes allierte styrker, noe som innebar at koalisjonen ikke visste hva som foregikk der.
Operasjonsområdene var vanskelig tilgjengelige, både av hensyn til trusselen og geografiske faktorer. HJK bidro til koalisjonens situasjonsforståelse ved å oppholde seg i slike krevende områder over lang tid. På grunn av perioden hjemme, erfaringer og anskaffelser var HJK bedre forberedt på et større spekter av oppdragstyper denne gangen. HJKs kontingent ble avsluttet etter tre måneder da MJK overtok. Etter redeployering gjennomførte avdelingen igjen en evaluering og kompetanseoverføring. Dette la grunnlaget for videre trening, anskaffelser og fortsatt utvikling. En stor andel av spesialstyrkenes personell hadde nå erfaring fra operasjoner i Afghanistan.
20 CJSOTF-A: Combined Joint Special Operations Forces Task Force–Afghanistan, hovedkvar-teret for spesialoperasjoner i Afghanistan.
Ny deployering, 2005
I 2005 ble det igjen besluttet å sende HJK til Afghanistan. Oppdraget skulle denne gangen vare i bare tre måneder og var del av Operasjon Enduring Freedom.
Oberstløytnant Torgeir Gråtrud hadde overtatt som sjef HJK høsten 2004. Han dro til US CENTCOM sammen med en representant fra Forsvarsdepartementet og Etterretningstjenesten. Der fikk han et klart inntrykk av at behovet for spesialstyrker var nærmest grenseløst (Gråtrud, 2010).
Til tross for det uttalte behovet fikk Norge likevel ikke et konkret oppdrag.
HJK sendte derfor et rekognoseringsteam som skulle bidra til å finne et egnet operasjonsområde basert på hvor behovet var størst. Denne høsten skulle det gjennomføres provins- og lokalvalg i Afghanistan for første gang, og i samråd med amerikanerne fant det norske teamet ut at spesialstyrken best kunne utnyttes i Paktika provins. Provinsen grenser til Pakistan, og tilstedeværelsen av militære styrker fra koalisjonen var meget begrenset.
Slik ble det besluttet at HJK skulle iverksette operasjoner i dette området til støtte for sikkerheten under valget.
Oppgavene var å etablere situasjonsforståelse og tilstedeværelse, støtte ikke-statlige organisasjoner med rådgiving og bistå lokale sikkerhetsstyrker med opplæring og mentorering (Gråtrud, 2010).
For å løse oppgavene ble styrken delt i to. Deler av staben ble etablert på Bagram flyplass for å legge til rette for operasjonene og liaisonere med hovedkvarteret og støtteressursene som hadde base der. Et av formålene med dette var å understøtte kampstyrken mer effektivt der operasjonene foregikk.
Selve kampstyrken, med elementer fra ledelse, stab og støtte, deployerte til en feltmessig base i selve operasjonsområdet.
Utfordringene med å oppholde seg over lengre tid i en slik base stilte nye krav til stabs- og støttepersonellet. I tillegg fikk man ny og verdifull erfaring med materiellet, for eksempel med kommunikasjonssystemene.
Ved å gjennomføre kjøretøyoppsatte rekognoseringsoperasjoner i tropps- og eskadronforband fikk styrken oversikt over situasjonen. Under operasjonene ble det gjennomført møter med lokale ledere og lokalbefolkningen. Parallelt med dette gjennomførte avdelingen sanitetspatruljer hvor sanitetspersonell
og lege behandlet lokale pasienter. Mer enn 700 afghanere fikk medisinsk behandling i løpet av disse tre månedene, noe som bidro til det gode forholdet til lokalbefolkningen. I tillegg ivaretok nordmenn de lokale sikkerhetsstyrkenes behov for opplæring med skyteutdannelse og annen operativ trening for å best mulig forberede dem på situasjoner som kunne oppstå under valget. Planen for å ivareta sikkerheten under valget ble en suksess. I HJKs operasjonsområde gikk valget rolig for seg og ble betraktet som vellykket. Etter tre måneder returnerte HJK til Norge.
HJK hadde under ledelse av oberstløytnant Hanevik gradvis tatt små skritt fra å være en rendyrket kontraterrorstyrke med begrenset rekognoserings- og overvåkningskapasitet til å nærme seg fullspekterkapasitet. Utviklingen ble ansett for å ha gått i fornuftig tempo med nøkterne og realistiske målsettinger (Eidheim, 2010). Oberstløytnant Gråtrud hadde til hensikt å videreutvikle kapasiteten med det tidligere arbeidet som grunnlag. En ny omgang med organisasjonsutvikling startet i 2005, hvor en ny kapasitetsstudie ble utredet.
Ett resultat av denne prosessen ble å fortsette etableringen av en skvadron som skulle ivareta taktisk støtte. Ved å transformere deler av utdanningsmiljøene i avdelingen til operative styrkemultiplikatorer skulle kapasiteten forbedres.