Patient activation among populations with chronic conditions

Realizamos o agrupamento dos dados de intensidade dos lncRNAs intrônicos para investigar o seu padrão de expressão entre as linhagens analisadas (Figura 11). Podemos observar uma menor sobreposição entre os lncRNAs expressos em pelo menos uma das três linhagens em comparação aos mRNAs codificadores de proteínas, o que demonstra que os lncRNAs intrônicos são expressos de uma maneira mais linhagem-específica do que os mRNAs codificadores de proteínas. Do total de transcritos de cada classe de RNA detectados em pelo menos uma das três linhagens, apenas 72% dos lncRNAs senso (2.518/3.504) e 75% dos lncRNAs antissenso (4.207/5.625) são expressos em mais do que uma linhagem. Por outro lado, a maior parte dos mRNAs (6.171/6.611, 93%) foi detectada em mais do que um tipo celular.

Figura 11: Especificidade de expressão de lncRNAs intrônicos antissenso e senso e mRNAs codificadores de proteínas entre as linhagens DU-145, MCF-7 e Mia PaCa 2. No painel A estão

agrupadas as intensidades de expressão detectadas para 5.625 lncRNAs antissenso, 3.504 lncRNAs senso e 6.611 mRNAs expressos em pelo menos uma das três linhagens analisadas. Nas matrizes de expressão, cada linha representa um transcrito individual. A escala de cor representa o logaritmo na base 2 dos valores de intensidade de expressão normalizados por quantil entre as três linhagens. A cor cinza representa a ausência de expressão daquele transcrito naquela linhagem. No painel B estão os diagramas de venn mostrando a sobreposição de transcritos expressos entre as linhagens DU-145, MCF-7 e Mia

Com o objetivo de explorar melhor o padrão de expressão tecidual dos lncRNAs intrônicos, foi realizada uma análise de abundância de expressão relativa de 6.488 RNAs expressos em nosso estudo, com um dataset de RNA-seq disponível publicamente (RNA-seq Burge) (Wang et al., 2008) composto por nove bibliotecas de diferentes tecidos. Nesta análise, as coordenadas genômicas referentes aos RNAs não codificadores intrônicos longos antissenso, senso e codificadores de proteínas do nosso conjunto de expressos foi cruzada com as coordenadas genômicas dos reads de RNA-seq das nove bibliotecas de cDNA originadas de diferentes tecidos. Para cada transcrito representado em nossa lâmina de oligonucleotídeos foi determinada a sua expressão em cada uma das bibliotecas de RNA-seq, representado pelo número de reads por quilobase por milhão (RPKM) (Mortazavi et al., 2008). Em seguida, a expressão relativa de cada transcrito entre as 9 bibliotecas de RNA-seq foi determinado, e representado como uma fração da expressão total (F.E.T), como proposto por (Cabili et al., 2011) e descrito na seção de Materiais e Métodos (ver subseção 3.5.5). Nesta análise, foram usados apenas RNAs detectados em pelo menos uma de nossas três linhagens e que possuíam expressão menor ou igual a 1,5 RPKM nas nove bibliotecas do dataset de RNA-seq. Utilizamos esse limiar de intensidade para incluir na análise apenas mRNAs com nível de expressão semelhante a dos lncRNAs. Isso foi feito para assegurarmos que as diferenças de expressão relativa de lncRNAs e mRNAs observadas entre os nove tecidos presentes no dataset de RNA-seq não eram devido à menor expressão relativa dos lncRNAs em relação aos mRNAs. Na Figura 12A estão representadas as frações de expressão de 6.488 RNAs (2.921 lncRNAs antissenso, 3.099 lncRNAs senso e 468 mRNAs de genes codificadores de proteínas) detectados em pelo menos uma das três linhagens e que possuiam expressão menor ou igual a 1,5 RPKM nas nove bibliotecas de RNA-seq. Baseado nesse agrupamento pode-se observar que a abundância relativa

de transcritos não codificadores de proteínas exibem um perfil mais tecido-específico que os transcritos codificadores de proteínas.

Figura 12: Abundância relativa da expressão de lncRNAs intronicos antissenso, senso e de mRNAs codificadores de proteínas entre nove tecidos diferentes. No painel A estão agrupados os 2.921

lncRNAs antissenso, 3.099 lncRNAs senso e 468 mRNAs codificadores de proteínas expressos em pelo menos uma das três linhagens em nosso estudo e que possuem intensidade de expressão menor que 1,5 RKPM em um dataset composto por RNAs detectados por RNA-seq em nove tecidos saudáveis diferentes. As porcentagens se referem ao número de transcritos cuja expressão é menor ou igual a 1,5 RKPM do total de transcritos expressos em pelo menos uma das linhagens DU-145, MCF-7 e Mia PaCa 2. Nas matrizes, cada linha representa um transcrito individual e cada coluna um tecido presente no dataset de RNA-seq. A escala de cor representa a fração de expressão entre os nove tecidos (F.E.T.), onde branco significa fração zero, ou seja, naquele tecido o transcrito não é expresso e vermelho forte significa fração maior que 0,5, ou seja, aquele tecido contribui para mais da metade da expressão total do transcrito nos nove tecidos. No painel B estão plotadas as porcentagens de transcritos com F.E.T. > 0,5 por classe de RNA. As proporções observadas para os lncRNAs antissenso e senso são significativamente diferentes em

relação à proporção observada para os mRNAs codificadores de proteínas (Fisher’s exact test; p-value <

Na Figura 12B estão plotadas as proporções de transcritos em cada classe com abundância de expressão tecido-específica, definido por um valor de F.E.T > 0,5 em um tecido (Cabili et al., 2011). Entre os lncRNAs, 52% dos transcritos intrônicos senso e 38% dos intrônicos antissenso apresentam abundância de expressão tecido específica, enquanto que entre os mRNAs codifcadores de proteínas, apenas 25% apresentam essa característica (Figura 12B). Essas diferenças nas abundâncias relativas de expressão entre os nove tecidos analisados no dataset de RNA-seq entre lncRNAs e mRNAs é estatisticamente significante (Fisher’s exact test; p-value < 0,0001). Além disso, pode-se afirmar que essas diferenças não são resultantes dos baixos níveis de expressão dos lncRNAs uma vez que foram utilizados na análise apenas transcritos codificadores e não codificadores de proteínas presentes no dataset de RNA-seq que estavam dentro de uma mesma faixa de expressão (RPKM).

4.4 Correlação de expressão entre lncRNAs intrônicos e mRNAs codificadores de