A obtenção de perfis genéticos para indivíduos de espécies diferentes de Quercus consiste num instrumento poderoso para discriminar genótipos individuais e para determinar relações filogenéticas entre as espécies.
A diferenciação dos 313 indivíduos da espécie Q. suber dos 2 indivíduos da espécie Q. rotundifolia verificou-se na análise por AFLP, em todas as combinações de primers e está de acordo com a classificação sistemática destes Quercus. O coeficiente de semelhança entre indivíduos destas duas espécies é de 0,20 tendo em consideração os 291 marcadores AFLP.
Na combinação de primers I9, na qual se incluíram 52 azinheiras e 313 sobreiros, identificaram-se indivíduos que pertencem a três espécies diferentes, Q. suber, Q. rotundifolia e talvez, Q. ilex. No fenograma, o grupo formado pelos indivíduos BA7A-3 e AA24BV-1 está unido aos grupos formados pelos sobreiros e pelas azinheiras, por um coeficiente de semelhança de, aproximadamente, 0,10. Na projecção dos pontos representativos das 365 árvores, nos planos definidos pelos eixos principais 1 e 2, constata-se que as árvores BA7A-3 e AA24BV-1 estão mais próximas do grupo das azinheiras do que dos grupos de sobreiros. Na análise em coordenadas principais, a dispersão, em cada um dos grupos, dos pontos representativos das árvores da espécie Q. suber é inferior à das árvores da espécie Q. rotundifolia, sugerindo que a diversidade genética em Q. rotundifolia é mais elevada do que em Q. suber. No grupo de Q. rotundifolia observa-se uma tendência para a formação de dois subgrupos. Cottrell et al. (2003), estudaram a estrutura genética de Quercus robur e Q. petraea por microssatélites e constataram, em consonância com os resultados doutros trabalhos, que Q. petraea exibe uma diversidade genética superior a Q. robur. Estes autores postularam que a causa talvez estivesse na hibridação unidireccional que se verifica entre as duas espécies, que enriquece a diversidade de Q. petraea. Boavida et al. (2001), num trabalho sobre a reprodução de Q. suber, referem que o cruzamento entre esta espécie e Q. ilex só é possível num sentido ou seja, com Q. suber a funcionar como progenitor masculino e Q. ilex como progenitor feminino.
Os resultados obtidos por AFLP com a combinação I9 enquadram-se no que foi descrito por Lebreton et al. (2001) relativamente à caracterização sistemática das azinheiras. Segundo estes autores, é mais prudente considerar as azinheiras como um complexo específico Quercus aggr. Ilex L. que compreende duas espécies distintas Q. ilex e Q. rotundifolia. Esta última possui uma subespécie denominada maghrebiana [Q.(ilex) rotundifolia subsp. maghrebiana]. A aplicação da metodologia AFLP a árvores do complexo Quercus aggr. Ilex L. estudadas por Lebreton et al. tem potencialidades para confirmar o elevado índice de polimorfismo observado por estes autores e a definição de grupos ou subgrupos taxonómicos no complexo Quercus aggr. Ilex L.
Nos sobreiros ocorre uma separação em dois grupos na análise por AFLP com as combinações de primers I1 e I9. Nos resultados obtidos com os 291 marcadores AFLP observa-se uma tendência para a separação dos 313 sobreiros em dois grupos que incluem árvores das populações do Algarve, Alentejo e Trás-os-Montes. Estes resultados apontam no sentido da existência de subespécies em Q. suber, tal como é sugerido por Lebreton et al. (2001) para Q. rotundifolia. Uma caracterização morfológica rigorosa dos 313 sobreiros incluídos neste estudo é essencial para uma definição taxonómica clara de Q. suber.
A separação dos sobreiros em dois grupos não parece estar relacionada com fenómenos de hibridação entre Q. suber e Q. rotundifolia. Na análise por AFLP com a combinação de primers I9, quando se sobrepõe a árvore de expansão mínima à projecção dos pontos representativos das 365 árvores, verifica-se que os sobreiros dos grupos I9C-IIS2 e I9C-IIS1 estão todos ligados entre si e que a ligação ao grupo das azinheiras I9C-IIA se faz através do sobreiro AS78SMS-1 do grupo I9C-IIS2 e da azinheira BA8A-2 do grupo I9C-IIA. No entanto, na combinação I9 foram identificados os fragmentos AFLP M9, M29 e M37 que estão presentes maioritariamente nas azinheiras e apenas em alguns sobreiros. A homologia da sequência nucleotídica de M29 com a do gene RHC18 de Saccharomyces cerevisiae que codifica uma proteína envolvida em processos de reparação do DNA danificado por acção de radiação UV sugere a possibilidade da sequência ter sido adquirida por hibridação com Q. rotundifolia, que conferiria uma melhor adaptação ao meio. Esta característica pode segregar independentemente das restantes e portanto, não afectar fenotipicamente os descendentes.
Em princípio, de acordo com os resultados deste estudo, sessenta por cento do genoma de Q. suber não é envolvido em fenómenos de recombinação, ao passo que
quarenta por cento podem estar sugeitos a fenómenos de introgressão, com troca de material genético com Q. rotundifolia. Os genótipos resultantes estarão sujeitos a selecção favorável ou desfavorável. De certa forma, os resultados obtidos vão ao encontro da teoria defendida por Zoldos et al. (1999), que defendem que as espécies de Quercus devem ser encaradas como grupos dominantes de indivíduos caracterizados por alelos resultantes de co-adaptação e correlacionados com aspectos fenotípicos. O modelo proposto por Whittemore e Schaal (1991) considera as espécies de Quercus como “picos” adaptativos, em que a tendência para as espécies se fundirem, devido ao fluxo de genes por introgressão, é equilibrada pela selecção de grupos de alelos co-adaptados.
A análise do DNA dos cloroplastos e das mitocôndrias realizada em populações de Q. suber e Q. ilex, por Belahbib et al. (2001), dá indicação da existência de um elevado nível de hibridação entre as duas espécies, funcionando Q. ilex, principalmente, como progenitor feminino. Estes autores referem que, apesar disso, os indivíduos da espécie Q. suber que possuem haplotipos dos genomas citoplasmáticos característicos de Q. ilex, apresentam morfologia típica de Q. suber, no que diz respeito à produção de cortiça. Estes resultados parecem, aparentemente, contraditórios com os observados por AFLP. Os genomas dos organelos citoplasmáticos podem corresponder aos 40 % do genoma potencialmente envolvidos em fenómenos de introgressão. A aplicação do método usado por Belahbib et al. (2001) aos genomas citoplasmáticos dos 313 sobreiros deste estudo, com determinação dos haplotipos respectivos, pode confirmar estas suposições.
Na literatura são várias as referências ao uso da metodologia AFLP para diferenciação de indivíduos de espécies diferentes. Mariette et al. (2002) compararam os níveis de diversidade genética em populações de Q. petraea e Q. robur em povoamentos isolados e povoamentos mistos. Concluíram que a diversidade genética nas populações e a diferenciação genética entre as populações são mais elevadas em Q. petraea do que em Q. robur. A relação entre as espécies da subdivisão Datureae foi avaliada por AFLP e, de acordo com os resultados obtidos, os autores propuseram uma nova classificação, com inclusão de três secções novas no género Datura (Mace et al., 1999). Também foram usados marcadores AFLP para determinar as relações filogenéticas existentes entre várias espécies de Lactuca (Hill et al., 1996) e várias espécies de Populus (Cervera et al., 1996).
I.5.3. Estabelecimento de correlações entre genótipo e fenótipo através de