O litoral cearense estende-se por 573Km e apresenta composição geológica basicamente sedimentar. A limitação das potencialidades hídricas superficiais é ditada principalmente pelo regime irregular na distribuição de chuvas e pelas temperaturas elevadas, sobretudo durante o período de estiagem (segundo semestre). Esta limitação deve ser sempre considerada no que diz respeito ao uso destas águas para atividades industriais, consumo humano e no que diz respeito ao lançamento de efluentes (Brasil, 2005).
No estado do Ceará, a zona costeira vem sofrendo uma série de perturbações e o crescimento populacional, marcado por intensa migração do eixo rural para o litoral, gera forte pressão sobre os recursos naturais (ZEE 2005a). De acordo com o estudo feito pelo programa ZEE (2005b), os principais vetores de impactos que afetam a região costeira do Estado do Ceará tanto no curso dos rios quanto na zona estuarina são: agricultura (com uso de fertilizantes e praguicidas), pecuária (incluindo o cultivo de camarão), a urbanização seguida ou não de industrialização e as alterações do uso do solo, alterações estas geralmente
ocorridas após o desaparecimento da vegetação nativa. Dentre estes vetores, a prática da agricultura em zonas costeiras pode exercer fortes pressões, entre elas a emissão de poluentes que pode trazer contaminação aos recursos pesqueiros. Além destes impactos citados pelo ZEE, a Superintendência Estadual do Meio Ambiente – CE complementa o cenário descrito trazendo o problema com a erosão da linha de costa, assoreamento de áreas de lagoas, enchentes, poluição de recursos hídricos superficiais e subterrâneos, ocupação irregular, carcinicultura, má disposição de resíduos sólidos e áreas de mineração (SEMACE, 2005).
Ao se verificar o histórico de ocupação do litoral cearense, pode-se notar que, como se repete em outros lugares do mundo, houve uma tendência de ocupação de áreas estuarinas e adjacências. Ao longo do litoral cearense localizam-se 17 grandes unidades de planície fluvio-marinhas geograficamente referenciadas de acordo com a região metropolitana de Fortaleza e agrupadas em: Litoral Leste (Barra Grande, Rio Jaguaribe, Rio Pirangi, Rio Choró, Rio Mal-Cozinhado), Litoral da Região Metropolitana de Fortaleza (Rio Pacoti, Rio Cocó, Rio Ceará, Rio São Gonçalo), Litoral Oeste (Rio Curu, Lagamar do Sal, Rio Mundaú, Rio Aracatiaçu, Complexo Estuarino dos rios Acaraú/Zumbi, Rio Coreaú, Barra dos Remédios, Rio Ubatuba/Timonha) (Brasil, 2005).
A nascente do Rio Pacoti está localizada na Serra de Baturité, percorrendo cerca de 150 km até desembocar na faixa costeira do município de Aquiraz. Abastece grande parte da Região metropolitana de Fortaleza com água barrada no Açude Pacoti-Riachão (localizado no médio e baixo curso do rio) e banha os municípios de Pacoti, Redenção, Acarape, Pacajús, Guaíuba, Horizonte, Itaitinga, Fortaleza, Eusébio e Aquiraz (Goayreb et al. 2004; Queiroz, 2005; ZEE, 2005b). Sobre a importância do rio, Goayreb et al. (2004) afirmam que o mesmo abastece diversos aqüíferos e possui papel importante na subsistência de populações ribeirinhas e em outras atividades antrópicas.
Segundo Queiroz (2005), este recurso hídrico vem sendo utilizado nos últimos anos como destino final para esgotos domésticos e industriais não tratados. Em seu estudo sobre o estado de conservação do estuário do Rio Pacoti, a autora constatou que há grandes impactos ambientais de origem antrópica nos pontos adjacentes de maior adensamento populacional. O estuário do Rio Pacoti foi utilizado como ambiente referência em alguns estudos (Davanso, 2010; Nillin, 2008), porém ambos os estudos detectaram indícios de degradação na região estuarina.
Irving et al. (1988) puderam vislumbrar ao escrever seu trabalho sobre a zona estuarina do Rio Pacoti há 15 anos que, sendo parte da zona de crescimento da região metropolitana de Fortaleza, a área estaria fadada a estar seriamente ameaçada por uma onda de especulação imobiliária. À época, os autores afirmaram que, apesar da adjacência com a capital, a zona estuarina do Rio Pacoti ainda encontrava-se sem "alterações marcantes devidas à atividade humana". Notadamente, não é o que se observa nos dias atuais, pois o entorno estuarino do Rio Pacoti apresenta elevado estado de ocupação, que vem crescendo bastante nos últimos anos (Brasil, 2005).
Queiroz (2005) aponta a construção de condomínios residenciais e equipamentos de lazer na faixa litorânea do Município de Aquiraz como problemas de ocupação indevida, salientando a modificação da paisagem e a privatização ilegal de praias. Principalmente no Rio Pacoti, principal recurso hídrico da região metropolitana de Fortaleza. A autora conclui em seu trabalho que setores industriais e imobiliários instalados no município de Aquiraz estão trazendo danos ao Rio Pacoti e contribuindo para a iminente restrição do seu uso enquanto recurso.
Segundo Lehugeur (2002), a conservação da zona costeira baseia-se na criação e implantação das principais categorias de unidades de conservação previstas pela legislação, que são: Parques, Reservas Biológicas, Estações Ecológicas, Áreas de Proteção Ambiental e
Áreas de Relevante Interesse Ecológico. Em 15 de fevereiro de 2000, através de um decreto estadual (Anexo 1), foi criada a Área de Proteção Ambiental (APA) do Rio Pacoti. A APA foi delimitada dentro dos municípios de Fortaleza, Aquiraz e Eusébio perfazendo um total de 2.914,93 ha. A sua criação teve objetivos claros de preservação da biodiversidade, manguezais, dunas, matas nativas de tabuleiro, preservar a integridade da paisagem, ordenar o turismo ecológico além do intuito de garantir a qualidade da água e a conscientização ecológica da população regional (Goayreb et al. 2004; SEMACE, 2013).
O Artigo. 3° do decreto proíbe "a implantação ou ampliação de atividades potencialmente poluidoras ou degradadoras, capazes de afetar os mananciais de água, formas do relevo, cobertura vegetal, o solo e o ar", bem como traz no parágrafo VI que também é vetada "qualquer forma de utilização que possa poluir ou degradar os recursos hídricos abrangidos pela APA do Rio Pacoti, como também, o lançamento de efluentes, resíduos ou detritos capazes de provocar dano ao meio ambiente" (SEMACE, 2013). Não obstante, os planos de manejo para colocar em prática o que foi determinado ainda não foram implementados (Davanso et al. 2013).
Alguns trabalhos com abordagem ecotoxicológica já foram conduzidos no Rio Pacoti. Nillin et al. (2013) obtiveram resultados que deram indicativos de toxicidade aguda e crônica nos sedimentos do rio. Davanso et al. (2013) avaliaram toxicidade aguda, crônica e biomarcadores (aChE, GST, dano de DNA) em tecidos de caranguejo e com a junção de todos os resultados puderam concluir que o estuário do Rio Pacoti ainda está em boas condições ambientais.