Analisar os efeitos de custo e benefícios de uma integração econômica depende muito dos objetivos perseguidos pelos países-membros. Além de que, os custos e benefícios tanto podem ser tratados como um todo, considerando as externalidades em cada setor da sociedade, quanto podem ser tratados do ponto de vista apenas dos efeitos derivados do comércio, com respeito em cada um de seus membros. No qual, sob o primeiro aspecto é mais difícil de analisar do que o segundo, e por este motivo muitos planejadores de economia utilizam na maioria de suas análises dados disponibilizados das balanças comerciais. (MONTOYA, 1993).
Porém, a utilização apenas da balança comercial de cada membro do acordo resulta ser pouco confiável, se for considerado que ganhos e perdas estão em função dos preços praticados com os demais países. Dessa forma, considerando o caso de que um país que possui uma balança comercial com saldo negativo em relação aos parceiros, pode-se supor que este país tenha se beneficiado ao adquirir produtos a preços relativamente menores. Logo, observações realizadas apenas utilizando informações da balança comercial só seriam úteis como indicador de tendências de comércio, mas não de custos e benefícios de um processo de integração econômica. (MONTOYA, 1993).
Quando Macadar (1992) analisa os efeitos de uma integração econômica no curto, médio e longo prazo, ele identifica que no curto prazo, o principal efeito positivo consiste no aproveitamento da capacidade instalada, cuja maior utilização permite reduzir custos de produção e substituir produtos até então importado de terceiros. Nesse efeito de desvio de comércio não ocorreria um efeito perverso, pois quando o custo social é inferior ao custo de importação de terceiros, a região integrada se beneficia com a substituição regional de importações.
Por outro lado, os custos de curto prazo também se associam com o fechamento de indústrias provocado pela concorrência da produção de países-membros, decorrente da criação de comércio. Em função de que na teoria tradicional de integração econômica, supõe- se que os recursos liberados pelas indústrias são rapidamente absorvidos em outras atividades
dentro do país importador. Ou seja, desconsidera o custo de oportunidade nas atividades alternativas seja mais elevado que os recursos internos liberados, de modo que o bem-estar do país importador possa piorar. (MACADAR, 1992).
Os efeitos positivos no médio e longo prazo mais significativos estão relacionados à alocação de novos recursos produtivos e realocação dos já existentes. Isso porque nas indústrias que produzem uma grande diversidade de bens, é possível fazer uma racionalização do processo, levando à especialização dentro da indústria, e com as mudanças nos fluxos de comércio, ocorrem alterações na demanda efetiva, afetando a estrutura produtiva. Outro benefício citado é o aproveitamento das economias de escala possibilitando ampliar o mercado. (MACADAR, 1992).
Balassa & Stoutjesdijk (1975) apontam que haveria um desequilíbrio no comércio entre os membros do acordo do próprio processo de integração devido aos diferenciais de tendência de crescimento econômico e inflação. E salienta que desequilíbrios no comércio intra-regional, por si só não deve ser considerados como uma indicação de uma distribuição desigual dos benefícios. Pois o desequilíbrio concentrado no comércio de bens manufaturados refletiria a superioridade adquirida de certos países parceiros encerrando o desenvolvimento de indústrias em outro lugar. E nesse caso, ações compensatórias de forma a trazer benefícios para os países menos desenvolvidos inseridos acordo. Exigindo um equilíbrio entre os interesses dos países com níveis de renda mais alta e mais baixa. E ao mesmo tempo, as concessões deverão ser de natureza temporária para evitar a perpetuação de indústrias ineficientes.
O exemplo do Mercado Comum europeu é uma boa conexão das informações. Após a entrada da Irlanda, o país recebeu concessões em adiar a eliminação dos direitos sobre as importações intra-área enquanto aproveita a livre entrada de suas próprias exportações, que promove os benefícios de investimentos do Fundo Europeu de Investimento. Esses tipos de concessões também foram aplicados à Grécia, Turquia e Portugal. (BALASSA & STOUTJESDIJK, 1975).
Entretanto, esse raciocínio não leva em consideração o protecionismo dos mercados externos e nem sua instabilidade, as restrições tarifárias, mercados cativos decorrente do comércio intrafirma das empresas transnacionais. Assim como a instabilidade dos preços e as difíceis condições de acesso a certos mercados internacionais, como também a instabilidade dos preços e as difíceis condições de acesso a certos mercados internacionais muitas vezes insuperáveis para as exportações de manufaturados dos países em desenvolvimento. (MACADAR, 1992).
Como crítica à teoria tradicional de integração econômica, Macadar (1992) aponta que as medidas corretivas de distribuição de custos e benefícios da integração atuam ex post e geralmente previstas em compensações financeiras que não modificam as assimetrias entre os países-membros. Acentuando a concentração e centralização dos capitais nos polos mais dinâmicos e tecnologicamente mais avançados dos respectivos setores econômicos, em vista a melhoria de eficiência produtiva. Podendo ocasionar no aprofundamento de desigualdades estruturais já existentes nos países-membros e entre as regiões de um mesmo país.
Logo, uma distribuição mais equitativa por meio de medidas compensatórias ex ante são defendidas pela corrente de pensamento desenvolvimentista, prevendo uma maior intervenção estatal em nível de programação do desenvolvimento industrial, apoio em pesquisa e desenvolvimento, alocação de recursos à reconversão industrial. E à nível de comércio pode-se discutir um processo diferenciado na redução tarifária para países de menor desenvolvimento e um período mais prolongado de adaptação para produtos mais sensíveis à variação de preços. Nesse sentido, os instrumentos e mecanismos da integração adotados pelos países que pretendem integrar-se e os prazos estipulados têm um papel fundamental na distribuição dos benefícios e custos.