A filosofia sistemática, defendendo a necessidade de toda e qualquer afirmação já estar enquadrada em algum quadro teórico, defende que a filosofia sistemático-estrutural é capaz de se autofundamentar. Isso se dá no seguinte sentido: a partir de cada quadro em que se está articulando algum âmbito dessa filosofia, esse âmbito, que pode ser alargado até conter
a filosofia como um todo, caso se queira, é fundamentado sempre segundo um ponto dentro da própria filosofia expressa nesse quadro específico.
Puntel (2008) defende que falar de uma fundamentação absoluta, isto é, uma fundamentação feita relativamente a um quadro teórico absoluto, em que esse termo é usado para designar um quadro melhor do que todo e qualquer outro, é sem sentido. Isso ocorre porque atingi-lo é impossível, já que o encontrar exigiria um processo exaustivo de comparação entre ele e toda a infinidade de possíveis quadros teóricos existentes, o que evidentemente está fora de nosso alcance. Logo, toda e qualquer fundamentação é relativa sempre a um quadro teórico específico e, portanto, também a uma linguagem específica, já que os pressupostos de qualquer quadro teórico são linguísticos.
Do que se expôs nos parágrafos anteriores, a autofundamentação dos vários âmbitos teóricos da filosofia sistemático-estrutural, bem como da filosofia sistemática como um todo, dá-se por meio de um processo contínuo, e sempre sujeito a revisões, de comparações entre os quadros teóricos em que as diversas propostas filosóficas foram engendradas. Essas comparações visam descobrir qual das propostas filosóficas proporciona os maiores graus de inteligibilidade e de coerência a partir de suas afirmações, já que esses são critérios adotados por Puntel (2008) para compará-las, como explicado anteriormente.
Não há, portanto, nenhuma instância externa que possa confirmar a verdade da filosofia sistemática a não ser a sua comprovação através da comparação com as outras propostas filosóficas. Pode-se dizer que a filosofia sistemático-estrutural se autofundamenta no sentido de que essa proposta filosófica como um todo se fundamenta a partir de um ponto que ainda está dentro do seu escopo, uma vez que, como teoria filosófica sistemática, ela se entende como ciência universal e como tal não pode ser fundamentada a partir de um ponto fora dela mesma (PUNTEL, 2008, p. 638).
Analisando a autofundamentação da filosofia sistemática de forma mais detalhada, vê-se que esse processo contínuo e de conclusão contingente, por meio do qual se vai estabelecendo a autofundamentação, é justamente o processo complexo da fundamentação sistemática. O último nível do conceito de fundamentação sistemática se efetiva justamente mediante a também última etapa do método filosófico desenvolvido por Puntel (2008, p. 639), a etapa do “método verificador de verdade”.
O método verificador de verdade, que é a quarta etapa do método filosófico punteliano, assume uma forma bem específica no caso da filosofia sistemático-estrutural. Isso ocorre porque ela não compara o sistema filosófico com os entes em sua totalidade, mas compara os quadros teóricos e suas concretizações entre si, de maneira a descobrir qual dos
quadros teóricos se mostra superior aos outros segundo os critérios da inteligibilidade e coerência. O método adquire, então, o sentido de verificar a verdade que está dada em cada caso relativamente a um determinado quadro teórico. Um quadro teórico pode, então, ser mais verdadeiro do que outro caso apresente uma maior coerência e inteligibilidade do que outro quadro na sua aplicação a algum aspecto da realidade. Dito isso, compreende-se, então, por que não se pode falar da verdade de um sistema filosófico utilizando-se para isso da experiência ou de experimentos, mas sempre somente recorrendo ao critério da coerência e da inteligibilidade mais elevadas de um sistema filosófico sobre outro, com relação à ordenação dos dados a respeito de algum aspecto da realidade ou da realidade como um todo.
O processo pelo qual a autofundamentação da filosofia sistemático-estrutural, tomando-a como caso exemplar, ocorreria concretamente seria o seguinte: a comparação entre as outras filosofias e a punteliana, que confirma ou não essa última, pode se dar em três níveis, devido à última se compreender como um pensamento rigorosamente holístico: no periférico, no intermediário e no central (PUNTEL, 2008, p. 640).
A comparação pode ocorrer no nível periférico da filosofia sistemática quando se discutem apenas questões acerca da aplicação ou concretização do quadro teórico sistemático em questões específicas, mantendo intacto esse quadro e o todo da concepção sistemática. A comparação ocorre no nível intermediário quando o que se está discutindo é toda uma parte da filosofia sistemática ou mesmo o todo da estruturalidade interna. Isso ocorreria, por exemplo, caso se discutisse sobre a semântica contextual adotada no quadro teórico sistemático. Por último, a comparação poderia ocorrer também no nível absolutamente central, discutindo com respeito a uma das duas teses absolutamente últimas da filosofia sistemática que se condicionam e implicam mutuamente: a tese da necessidade do uso do quadro teórico para dar sentido a qualquer afirmação, considerando já aqui a existência de uma pluralidade de quadros possíveis, e a que articula tudo o que existe segundo as duas dimensões elementares, a das estruturas fundamentais (lógicas, semânticas, ontológicas) e a dimensão do dado em seu conjunto (mundo, universo do discurso) (PUNTEL, 2008, p. 641).
Segundo o próprio Puntel (2008, p. 641): “Caso essa diferenciação assim como a interconexão das duas dimensões diferenciadas se evidenciasse como insustentável, também a ideia sistemático-estrutural fundamental, a ideia-chave, não se sustentaria mais”. Ainda que a filosofia sistemático-estrutural se mostrasse insustentável, a sua superação de fato somente se daria caso fosse mostrada uma proposta filosófica que se articulasse sobre outro quadro teórico que proporcionasse uma maior capacidade explicativa sobre os conceitos que Puntel (2008) chamou de dimensão das estruturas e dimensão dos dados.