FON, UMB April 18, 2008 ATTN: Åshild Ergon
The current Research School in Systems Biology and Research School in Genetics at Campus Ås have, considering their modest funding, both developed nicely since they were launched.
In connection with the national call for Research Schools with its deadline in June 2008 the two leaders, Gaute Einevoll and Tormod Ådnøy, have asked me to head the development of a proposal where we merge the activity and competence of the two schools into one, and where we try to remain faithful to the original intentions behind both schools in the best possible way. We propose to call the school the “Research School in Integrative Genetics”.
The integrated school will ensure the development of an internationally unique teaching environment involving the integration of quantitative genetics theory, statistical genetics theory, and a whole range of phenotyping technologies with hard core systems biology, systems theory and very advanced engineering modelling concepts in the endeavour to describe, understand and exploit the genotype-phenotype map. It will involve researchers at UMB and Nofima Food in plant and animal genetics, biology, mathematics, physics,
computer science, statistics and data analysis, biospectroscopy, microbiology, bioinformatics as well as a host of scientists at other universities. There is still no campus in the world that has a dedicated and concerted research programme centering on genetics like we currently have at Campus Ås. Strengthened research and teaching efforts under this intellectual umbrella will in our opinion be of crucial importance for our university's ability to maintain its position as a competent life science university in the future.
The school will educate candidates capable of addressing practical issues of substantial importance for the Norwegian economy with well-proven tools as well as being scientifically sophisticated in new conceptual and methodological advances. Our support from leading biomedical research groups is a guarantee that the school will also educate candidates possessing skills at the leading edge of research in new modelling paradigms within biomedicine. Such an integrated school will be highly instrumental in merging research environments at the campus level and the national level that still do not communicate as they should, and this will in turn have a very positive effect on the PhD education.
In our opinion it will be difficult to come up with another Research School concept at Campus Ås with greater potential to bind together such a broad range of our core disciplines while still being thematically focused and dedicated.
During the last year our national and international networks of leading scientists (see the lists in the attached original proposals) have been consolidated and expanded, and represent a strong team of potential lecturers at seminars and summer school and hosts in exchange programmes.
Even though the five national Research Schools will be decently funded by the Research Council, it is evident that their success will be very much dependent upon how capable the associated scientific staff will be to attract research funds that can pay the PhD salaries and the attached research expenses. Several of the researchers standing behind this proposal at Ås as well as in Oslo have a proven track record of being capable to secure funding from national and international funding bodies, and considering how modern biology is developing there is no reason to believe that this situation will change.
The national competition will be fierce and we need a body that stands out. We think a Research School in Integrative Genetics will meet the requirements needed for being considered a serious candidate for funding, and feel quite confident of being capable of writing a very strong proposal to meet the June deadline.
Best regards,
Stig W. Omholt
Attachments
Activity records for the Research School in Genetics and the Research School in Systems Biology,
The original applications for both research schools.
Activity records
Research School in Systems Biology Current number of students is about 22.
Seminars:
10.04.2008: Prof. Stephen Coombes, University of Nottingham (UK): "Neural Field Models".
30.1.2008: Joakim Sundnes, Simula Research Laboratory. "Computational challenges in mathematical models of the heart."
14.12.2007: Nils Svanstedt, Gothenburg University. "Flow near shark skin structure."
14.08.2007: Jacko Koster, UNINETT Sigma, project coordinator Notur. "Notur: Providing the national infrastructure for computational science in Norway."
07.06.2007: Dr. Jimmy Jensen, Department of Psychiatry, Ullevål University Hospital. "fMRI studies of the mesolimbic reward system".
24.05.2007: Ph.D. Ian Donaldson, The Biotechnology Centre of Oslo. "Biomolecular Interactions, Text-mining and Stochastic, Spatial, Particle-based Modelling".
17.04.2007: Johan Hake and Omar al-Khayat, Simula: "Scientific Computing at Simula Research Laboratory".
30.01.2007: Prof. Harald Martens, Matforsk & CIGENE/IKBM. "The deductive vs the inductive mind-set in mathematically oriented biology".
Research School in Genetics
Current number of students is about 55.
Seminars:
June 4, 2008 - Odd Vangen, IHA - Biological aspects of breeding.
May 7, 2008 - Genomic selection. Theo Meuwissen, IHA.
March 5, 2008 - Pyrosequensing of genomes: a new world of sequencing. Kjetill S Jakobsen, UiO.
January 16, 2008 - Ben Hayes: The use of gene info in breeding.
13 december 2007 Klaus Palme: Integration of hormonal signal processing and transduction, Alan H. Schulman: Retrotransposons and genome dynamics.
7. november 2007 "Estimating Directional Epistasis from Line-cross Data. Donald V. Griffin, Florida State University.
3. October 2007 'The role of mathematical modeling in hypothesis-driven cell biology – a survey of models in bioinformatics and systems biology' - Olaf Wolkenhauer, Rostock.
Søknadsskjema
1for status som Forskerskole i systembiologi (FS- SysBi) ved UMB
ORGANISASJON
Navn på faglig leder2 Gaute T. Einevoll Vertsinstitutt IMT
Partnerinstitutt(er) IKBM, IHA, IPM
Vitenskapelig ansatte3 ved UMB som skal inngå i forskerskolen
Navn Tittel Institutt
Gaute T. Einevoll professor IMT
Erik Plahte professor IKBM
Stig W. Omholt professor IHA
Harald Martens professor II IKBM
John Wyller professor IMT
Arkadi Ponossov professor IMT
Hans E. Plesser førsteamanuensis IMT
Cecilia Futsæther førsteamanuensis IMT
Unni Oxaal førsteamanuensis IMT
Knut Kvaal førsteamanuensis IMT
Mahmood Amiry-Moghaddam førsteamanuensis II IMT
Lars-Gustav Snipen førsteamanensis IKBM
Ulf Indahl førsteamanuensis IKBM
Tomas Isaksson professor IKBM
Åsa Frostegård professor IKBM
Are Aastveit professor IKBM
Trygve Almøy førsteamanuensis IKBM
Lars Bakken professor IPM
Forskere utenfor UMB som skal inngå i forskerskolen
Navn Tittel Institusjon/bedrift
Harald Martens seniorforsk./prof. II Matforsk/UMB
Tormod Næs forsk.sjef/prof. II Matforsk/UiO
Achim Kohler forsker Matforsk
Ole Petter Ottersen professor UiO (CMBN)
Paul Heggelund professor UiO (Fysiologi)
Johan Storm professor UiO (CMBN)
Jan G. Bjaalie professor UiO (CMBN)
Kjetil Taskén professor UiO (Biologi)
1 Søknadsskjemaet er ment som et utgangspunkt for søknaden og kan tilpasses etter behov.
2 Faglig leder må være fast ansatt ved UMB i professor eller førsteamanuensis stilling.
3 Med vitenskapelig ansatte menes alle i fagmiljøet som har fullført doktorgrad, også midlertidige ansatte.
Eivind Hovig professor Radiumhospitalet
Edvard Storm professor NTNU (CBM)
Olle Nermann professor Chalmers, Göteb.
Anders Blomberg professor Univ. Göteborg
Nick A. M. Monk research unit leader Univ. Sheffield
Markus Diesmann research unit leader RIKEN, Japan
Sonja Grün research unit leader RIKEN, Japan
Anders M. Dale professor U. Cal. San Diego
Olaf Wolkenhauer professor Univ. Rostock
Hvor mange stipendiater inngår i forskningsmiljøet4 nå?
Stipendiat Institusjon Veileder Forventet
disputas
Øystein Gjerstad IKBM Indahl 2008
Siren Røst Veflingstad IKBM Plahte 2006
Anne Grete Roer IKBM Almøy 2009
Kristian Liland IKBM Almøy/Aastveit 2010
Arne Bjørke Gjuvsland IHA Omholt 2007
Hannah Rajasingh IHA Omholt 2008
Josef Thingnes Cigene/IMT(BeBi) Omholt/Ponossov/Hovig 2010 Klas Pettersen IMT(BeBi) Einevoll (Dale,UCSD) 2007
Paulius Jurkus IMT(BeBi) Einevoll
(Heggelund,UiO)
2007
Ane Vollsnes IMT(BeBi) Oxaal/Futsæther 2007
Patrick Blomquist IMT(BeBi) Wyller/Einev./Ples./Pon. 2008 Eilen Nordlie IMT(BeBi) Plesser/Einevoll/Wyller 2009 Henrik Lindén IMT(BeBi) Einevoll/Plesser/Wyller 2009 Stig Morten Thorsen IMT/Planteforsk Ponossov + biveiledere 2009
Anna Machina IMT(BeBi) Ponossov/Omholt 2010
Irina Shlykova (fra 01/2007) IMT(BeBi) Ponossov/Omholt 2010
Linda Bergaust IKBM Frostegård/Bakken ?
Pål Tore Mørkved IPM Bakken ?
Lars Molstad IPM Bakken ?
Videre tar vi sikte på å få til en mer regulær kontakt med de samarbeidende
forskningsmiljøene ved Universitetet i Oslo (se over),.
Doktorstudentene i disse gruppene vil derfor etter planen også delta i en del av forskerskolens aktiviteter og derved bli delvis intergrert i vårt forskerstudentmiljø.
Doktorstudentene til våre utenlandske samarbeidspartnere er ikke med i oversikten.
Hvor mange stipendiater har disputert fra forskningsmiljøet9 de siste 5 år? (sett X)
Under 5
4 Med forskningsmiljø menes ansatte og studenter, faste og midlertidige, som naturlig hører med til fagmiljøet rundt de forskerne (både UMB ansatte og eksterne forskere) som inngår i forskerskolen.
Mellom 5 og 10 X Mellom 10 og 20
Over 20
FAGLIG PROFIL
Gi en kort beskrivelse av forskningsmiljøets faglige profil
Forskningsmiljøene på UMB og Matforsk som står bak denne søknaden om opprettelse av en Forskerskole i systembiologi (FS-SysBi), har alle forskningsprofiler rettet mot økt forståelse av biologiske systemer ved bruk av en kombinert eksperimentell og matematisk tilnærming.
Forskningstemaene omfatter systemer på molekylært, cellulært, organ- og organismenivå og et vidt spekter av matematiske metoder benyttes.
I FS-SysBi vil disse miljøene, og spesielt deres doktorstudenter, bringes sammen i et felles fagmiljø som både vil styrke kvaliteten på forskningen og forskerutdanningen, markere UMB som et sentralt fagmiljø innen fagområdet, gjøre UMB mer synlig i forskningsverdenen og gjøre det lettere for oss å trekke til oss gode doktorgrads-kandidater, både fra Norge og andre land.
Vi har valgt ”systembiologi” som navn på forskerskolen. En kort definisjon av dette begrepet, utforma av norske systembiologiske miljøer i fellesskap, er (i norsk språdrakt):
Systembiologi er en multidisiplinær tilnærming hvor en søker å forklare, forutsi og kontrollere komplekse cellulære og fysiologiske fenomener i levende organismer ut fra underliggende molekylære regulatoriske mekanismer basert på integrerte
forskningsprogrammer hvor modellering, simulering og analyse av eksperimentelle data ved bruk av matematiske, statistiske og numeriske metoder innehar en nøkkelrolle.
De sentrale metodiske fagmiljøene tilknyttet FS-SyBi er:
IMT, Forskningsgruppe for Beregningsorientert Biologi (http://bebi.umb.no/): Her studeres nevrobiologiske systemer på cellulært nivå, kretsnivå og systemnivå, og et sett av ulike matematiske metoder benyttes: Ikke-lineær analyse av differensial- og
integralligninger, stokastisk simulering av store cellenettverk, biofysisk modellering av enkeltnerveceller. Eksperimentelle data besørges av samarbeidende grupper, spesielt ved Universitetet i Oslo, University of California San Diego og NTNU i Trondheim. Videre utvikles nye matematiske og eksperimentelle metoder for studier av komplekse biologiske systemer (med rot- og plantevekst som modellsystem) blant annet ved bruk av moderne metoder fra statistisk fysikk. I tillegg er det etablert et miljø hvor viktige matematiske modelleringsapparat i biologien underkastes stringent matematisk analyse med tanke på å frambringe resultater som er praktisk anvendbare i modellering.
CIGENE (http://cigene.umb.no/): Her arbeides det med å bidra til dyp kausal forståelse av komplekse karakterer hos fisk, planter og dyr med utgangspunkt i genotypiske og
fenotypiske data og bruk av et vidt spekter av matematiske metoder. CIGENE fungerer i dag også som et nav for systembiologiske aktiviteter på Campus Ås, og praktisk talt alle
forskerne ved UMB som står bak denne søknaden, har en eller annen form for tilknytning til Cigene. Cigene har per dato status som systembiologiplattform under FUGE-programmet.
IKBM: Forskerne i gruppa for Målemetodikk arbeider med målemetodikk og multivariat dataanalyse (kjemometri, statistikk/matematikk). Reologi-instrumenter, NIR-instrumenter, et Raman-instrument, en Akustisk kjemometri rig og div. SeCaP-instrumenter benyttes
tilmåling av kvalitetsegenskaper i næringsmidler og andre biologiske prøver.
Måleinstrumentene produserer multivariate data. Dette gjør måleresultatene egnet til å predikere mange og kompliserte ofte funksjonelle kvalitetsegenskaper (fenotypiske
egenskaper). Bruk av slike måleinstrumenter forutsetter kalibrering mot referansemetoder.
Dette gjøres ved hjelp av dataanalyse metodikk (multivariat pre-prosessering, regresjon, klassifikasjon). Innen dataanalyse jobbes det med utvikling av nye PLS-beslektede multivariate analysemetoder innen både regresjon og klassifikasjon tilpasset ekstremt multivariate data som typisk vil være produsert ved hjelp av nevnte målemetoder, samt utvikling metodikk for analyse av DNA microarray bilder.
Forskergruppa for biostatistikk har i de siste årene først og fremst arbeidet med analyse av mikromatrisedata. Et viktig felt har vært å studere comparative genomic hybridisations (CGH) for bakterier for å bestemme graden av overenstemmelse mellom ulike linjer. Dette har skjedd i nært samarbeid med Gruppa for mikrobiell genteknologi. bacteria in order to determine the level of genomic similarity between various strains. Et annet prosjekt sammen med Giagenic AS sikter mot å utvikle en stabil og robust metode for tidlig diagnostisering av brystkreft. Endelig har gruppa arbeidet med å utvikle en platform for å bruke multivariate metoder til å få en mer effektiv bruk av moderne massespektrometre ved UMB.
Lars Snipen jobber spesielt med komparativ genomikk for bakterier, og utvikler metoder for å kartlegge genetisk diversitet mellom ulike stammer av bakterier utfra mikromatrise-baserte CGH (Comparative Genomic Hybridization) studier relatert til bakgrunnsdata som sekvens- informasjon, kvantitative PCR og Pulse Field Gel Electrophoresis.
Lars Bakken ved IPM samarbeider med Åsa Frostegård ved IKBM på mikrobielle prosesser i N-syklus og produksjon/oksidasjon av metan i jord. Eksperimentelt arbeides det med fenotypisk karakterisering av hele mikrobesamfunn og enkelt-arter av denitrifiserende bakterier. Instrumentering for automatisert måling av kinetikk er utviklet for dette formålet.
Matematisk modellering av regulering av prosessen både på enkelt-cellenivå og i naturlig miljø blir et viktig arbeidsområde. Samarbeid om beregningsbasert biologi er derfor svært ønskelig, og det er søkt om midler fra SysMO (http://www.sysmo.net/) til et systembiologi- prosjekt med en lang rekke utenlandske samarbeidspartnere.
MATFORSK: To sterke forskningstradisjoner ved dette instituttet vil inngå: 1)
Biospektroskopi – dvs. bredspektret kvantitativ profilering av mange prøver over tid, til en lav pris vha. forskjellige ikke-destruktive høyhastighets og multikanals måleteknikker, og 2) høydimensjonal datamodellering ved hjelp av biokjemometri – dvs. multivariate matematiske teknikker til å identifisere, isolere og studere systematiske, relevante variasjonsmønstre i empiriske data, i form av ”underliggende rytmer og harmonier fra en kakofoni av data”.
Biospektroskopi eliminerer mye av den tidkrevende prøveopparbeiding som tradisjonell analytisk kjemi krever, mens biokjemometri muliggjør datamodellering i situasjoner der klassisk statistisk modellering kommer til kort. Syntesen av disse to forskningstradisjonene inn mot de mer dynamiske, men mindre høydimensjonale modelleringstradisjonene i systembiologi, gir helt nye muligheter for eksperimentell verifisering av etablerte
systembiologiske modeller, samt oppdagelse av nye empiriske sammenhenger som i sin tur kan inkorporeres i forbedrede systembiologiske modeller.
I tillegg til disse metodiske hovedmiljøene vil andre mer eksperimentelt rettede forskere og forskningsmiljøer ved Campus Ås, med interesse for å få utviklet matematiske modeller for å øke forståelsen av egne måledata, være tilknyttet FS-SysBi.
UMB har svært sterke forskningsgrupper innen molekylær mikrobiologi og genetikk ved IKBM, IHA og IPM. Vi er kjent med at det også søkes om å opprette forskerskoler innen disse fagområdene som ligger nært opptil sentrale problemstillinger for FS-SysBi. Disse skolene vil ha sine hovedfokus på andre metodiske tilnærminger. Mens FS-SysBi derfor vil rekruttere doktorstudenter med bakgrunn i, og interesse for, metodefag som matematikk, fysikk, informatikk, og matematisk biologi, vil det være naturlig for studenter med andre faglige bakgrunner å søke til de andre forskerskolene. Vi ser derfor eventuelt for oss et gjensidig fruktbart samarbeid med de andre tematisk sett nærliggende forskerskolene, til glede både for doktorstudenter, forskningsmiljøene og UMB som helhet.
I hvilken grad vil forskerskolen gi merverdi i forhold til eksisterende PhD utdanning på området?
1. De sentrale modelleringsfagmiljøene som står bak denne søknaden, er spredt på fire UMB-institutter (IMT, IKBM, IHA, IPM) samt Matforsk. Dette er en naturlig gjenspeiling av UMBs faglige profil med hovedvekt på grunnleggende og anvendt biologi, og bidrar til at modelleringsmiljøene har nær kontakt med eksperimentelle grupper. Dette betyr imidlertid at doktorstudentene innen systembiologi ofte har få andre doktorstudenter i nærmiljøet å vekselvirke faglig med. Ved etablering av FS- SysBi vil disse doktorstudentene bli del av et vesentlig større student- og
forskningsmiljø som vil bidra til en bedre og triveligere forskerutdanning med mere faglig og sosial kontakt.
2. Etablering av en slagkraftig forskerskole i systembiologi ved UMB vil øke
synligheten av denne aktiviteten utad. Systembiologi er et viktig fagfelt i sterk vekst internasjonalt hvor andre norske universiteter fortsatt er i startgropa. Med basis i vår nåværende dominerende nasjonale posisjon i systembiologi vil UMB kunne få en ledende nasjonal rolle innen fagområdet også på lengere sikt dersom vi sikrer en konkurransedyktig utvikling av miljøet. Etablering av FS-SysBi vil bidra til dette, og blant annet øke tilgangen på gode doktorstudenter (også utenlandske) til egne
stipendiatstillinger. Videre vil flere doktorstudenter finansiert av andre
forskningsinstitusjoner kunne bli tilknyttet oss (noe vi allerede har flere eksempler på).
3. Biomedisinsk forskning seiler opp som et sentralt område innen systembiologien.
Gjennom våre samarbeidspartnere i medisinske fagmiljø ved UiO får våre doktorgradsstudenter kontakt med noen av de beste biomedisinske
forskningsmiljøene i landet.
4. Vi regner samarbeidet med Graduate School in Genomics and Bioinformatics i
Göteborg som særlig verdifullt. Flere av våre doktorgradsstudenter har allerede deltatt på kurs, konferanser og sommerskoler de har arrangert. Når nå vi inngår et
formalisert samarbeid, vil flere av våre studenter få mulighet til dette, noe som også innebærer flere og bedre kontakter med framstående forskere i andre land.
SAMARBEID
Gi en kort beskrivelse av planer for samarbeid5
• Innad på UMB
• Med andre FoU institusjoner i Norge
• Med FoU institusjoner i utlandet
• Med forvaltning/næringsliv 1. Innad på UMB:
• FS-SysBi har sitt direkte utspring i eksisterende samarbeid mellom forskere ved mange institutter på UMB, og ideen bak forskerskolen er å bringe sammen disse fagmiljøene. Konkret finnes det en rekke pågående felles forskningsprosjekter som involverer forskere i disse ulike miljøene, for eksempel modellering av funksjonen til gliaceller i hjernen, modellering av egenskaper til nervecellekretser i hjernebarken, modelleringsstudier av emergente egenskaper i komplekse systemer, utvikling av og analyse av matematiske modeller for genregulering og metabolske prosesser, med mer, både i form av konkrete matematiske modelleringsprosjekter og av
forbedringer i generiske algoritmer og modellstrukturer. I et samarbeid mellom Cigene og Matforsk har vi nylig utviklet nye metoder til å studere store og komplekse mønsterdannende systembiologiske modeller, både med hensyn til begrepsdannelse, oppdagelse av emergente mønstre og språklig kvantitativ beskrivelse av disse, som det er stor interesse for å videreføre.
Vi forventer at enda flere slike samarbeidsprosjekter blir igangsatt som følge av at forskerskolen blir etablert.
• Høsten 2007 blir et 2-årig MSc-studium i Beregningsorientert biologi igangsatt under programmet Master i matematiske realfag. Dette
masterstudiet har sitt utspring fra mange av de samme fagpersonene som står bak denne søknaden. Ved eventuell etablering av FS-SysBi vil en få klare synergieffekter med denne MSc-utdanningen: (A) Masterstudentene og doktorgradsstudentene vil kunne vekselvirke med hverandre faglig og sosialt, (B) det større antall studenter på hovedfags- og doktorgradsnivå vil sikre høyere studenttall på master- og doktorgradsemnene, og (C)
forskerskolen vil kunne rekruttere studenter fra masterprogrammet.
• Seksjon for agroøkologi på IPM har inngått et samarbeid med Cigene i et stort internasjonalt prosjekt kalt Eco-Systems Biology: Bacterial
denitrification, a potent reactor in global change, som omfatter både biologiske og matematiske forskergrupper (se foran). Dette er et reelt systembiologi-prosjekt, og det er søkt om midler fra SysMO,
http://www.sysmo.net/.
2. Med andre FoU institusjoner i Norge:
• Fagmiljøene bak søknaden har sterke koblinger med ledende
eksperimentelle forskergrupper ved, for eksempel, UiO (CMBN, Biologisk institutt, Fysiologisk institutt, Bioteknologisenteret), Radiumhospitalet og NTNU. Vi er allerede involvert i flere modelleringsprosjekter med disse gruppene, hvor utgifter til eksperimenter og finansiering av doktorstudenter og postdoktorer er dekket av våre samarbeidspartnere. Dette vil kunne fortsette så lenge den beste modelleringskompetansen sitter hos oss, noe
5 Det er ikke et krav at det skal være samarbeid med alle disse grupperingene. Det er et krav at det må være
samarbeid med minst en annen gruppering (enten intern eller ekstern), og det er ønskelig at forskerskolen er et reelt nettverk med både eksterne og interne grupperinger representert. Planer for samarbeid vil bli lagt til grunn for prioritering av søknadene (se Kriterier for forskerskoler ved UMB)
etablering av FS-SysBi vil bidra til.
• Den nasjonale noden til det nyopprettede International Neuroinformatic Coordinating Facility (http://www.incf.org/) med sekretariat på Karolinska Institutet i Stockholm, er nylig plassert ved Center for Molecular Biology and Neuroscience (CMBN) ved UiO. Noden, som har en årlig finansiering på ~NOK 800 000, vil bli ledet av Einevoll som i den forbindelse tiltrer en professor-II stilling ved CMBN/UiO i høst. Oppdraget for noden er å stimulere bruken av nevroinformatiske metoder (modellering, databasing, visualisering) ved arrangering av kurs, støtting av konkrete
samarbeidsprosjekter, utvikling av nevroinformatiske verktøy etc.. I denne grenen av systembiologi vil derfor miljøet ved UMB ha en sentral nasjonal rolle de neste årene.
3. Med FoU institusjoner i utlandet:
• Martens er adjungert professor ved Royal Vet. & Agric. U. (KVL),
København, og har tidligere vært gjesteprofessor ved BioCentrum/DTU og ved institutt for fysikalsk kjemi, NTNU. Gjennom dette nettverket vil forskerskolen både kunne tilby supplerende kurser og innovative,
tverrfaglige prosjektoppgaver. Kohler, i det samme miljøet på Matforsk, har likeledes et vel etablert kontaktnett innen biospektroskopi på det europeiske kontinentet.
• Einevoll har en stilling som Visiting Research Scientist ved Department of Neurosciences ved University of California San Diego, og
Forskningsgruppen for Beregningsorientert biologi ved IMT har et nært samarbeid med professor Anders Dales gruppe ved dette instituttet. Flere av våre doktorstudenter har hatt lengre opphold ved denne gruppen, og dette planlegges videreført.
• For øvrig har forskningsmiljøene bak FS-SysBi en rekke internasjonale kontakter som har sagt seg villige til for eksempel å bidra med
gjesteseminarer, undervisning på sommerskoler og veiledning av doktorstudenter. Av eksempler kan nevnes Tysklands første professor i systembiologi, prof. Olaf Wolkenhauer (Rostock), Dr. Nick Monk (Sheffield), prof. Anders Dale (San Diego), Dr. Sonja Grün (RIKEN, Japan), Dr. Markus Diessmann (RIKEN, Japan).
• Cigene og Matforsk har nylig startet et samarbeid med prof. Anders Blomberg ved Universitet i Göteborg der gjærsoppen S. serevicia brukes som modellsystem for å analysere grunnleggende relasjoner for genomiske systemer og konsekvensene disse har for genetikk og evolusjon. Siden gjærsoppen har kjønnet reproduksjon og formerer seg i løpet av minutter, åpner dette samarbeidet store muligheter for å bruke gjær som
modellsystem for en rekke problemstillinger knyttet til avl på planter og dyr hvor en kombinerer genetisk teori med matematisk modellering og
storskala datafangst av fenotypiske data. Det er grunn til å tro at gjær pga sine eksperimentelle egenskaper vil bli nøkkelorganismen for utvikling av en genetisk teori basert på hvordan gener virker og samvirker, og vi tar mål av oss til at campus Ås kan bli stående som en pionerinstitusjon i denne sammenheng.
BUDSJETT
Utgiftspost Beløp
25%-stilling som koordinator (webside, seminarserie, informasjonsmateriell) for FS-SyBi
NOK 100000
Arrangering av seminarserie NOK 100000
Søknadssum NOK 200000
Merk:
• En seminarserie kan og vil også igangsettes selv om NOK 100000 ikke kan bevilges til dette formålet.
• Hvis noe mer midler blir tilgjengelig, kan vi arrangere sommerskoler, workshops og lignende. Siden det per i dag synes uklart hvor mye midler som vil stilles til
disposisjon for forskerskolene, er budsjettet over laget nøkternt.
PLANER FOR FORSKERSKOLEN
1. Etablering av emneportefølje
En faglig solid forskerskole forutsetter en solid portefølje av emner på 300 og 400- nivå. Av eksisterende emner på UMB som vil være aktuelle for studenter i
forskerskolen kan nevnes:
BIN300 Statistisk genomforskning (10 stp)
BIN310 Modeller og algoritmer i bioinformatikk (10 stp) BIN320 Systembiologi (10stp)
BIN350 Genomanalyse (5 stp)
BIN400 Analyse av mikromatrisedata (5 stp) FYS381 Biologisk fysikk (10 stp)
FYS385 Prosjekt i biologisk fysikk (5 stp) FYS386 Matematisk nevrovitenskap (5 stp) FYS387 Mønsterdannende prosesser (10 stp)
INF300 Utvalgte emner i anvendt informatikk (15 stp) MATH310 Kontinuerlige dynamiske systemer (10 stp) STAT300 Statistisk dataanalyse (10 stp)
STAT330 Analyse av kategoriske data (10 stp)
STIN340 Beregningsintensive statistiske metoder (10 stp) MVI330 Forsøksplanlegging og dataanalyse (10 sp)
Disse emnene alene tilsvarer 135 studiepoeng, og gir derfor doktorstudentene et rimelig bra utvalg for å plukke ut 30-40 studiepoeng med emner til sine studieplaner.
Vi har derfor allerede i dag et godt utgangspunkt for å kunne gi doktorstudentene i FS- SysBi et godt emnetilbud. I tillegg planlegger vi å arrangere kortere enkeltstående emner innen utvalgte tema, gjerne gitt av en av forskerskolens nasjonale eller internasjonale samarbeidspartnere. Hvis ressurssituasjonen tillater det, er det også aktuelt å utvikle nye videregående kurstilbud ved Campus Ås innenfor forskerskolen, for eksempel for multivariat analyse innen biospektroskopi/biokjemometri. Ved å samle kreftene som inngår i forskerskolen, er dette lettere å få til. Videre vil vi vurdere å tilby våre studenter opplegg for å kunne ta gode emner ved samarbeidende
institusjoner.
2. Planer for rekruttering av doktorstudenter
Vår erfaring er at det er lett å rekruttere gode doktorstudenter til våre prosjekter, også fra institusjoner utenfor UMB. Systembiologien er i en svært spennende og rask utvikling, og er attraktivt for unge forskerrekrutter. En fortsatt god
rekrutteringssituasjon forutsetter imidlertid at vår forskning holder høy kvalitet og at vi er synlige i det nasjonale og internasjonale fagmiljøet. Hovedutfordringen vil imidlertid trolig fortsatt være å finansiere doktorstipender. Dette vil vi, som nå, skaffe ved å søke nasjonale og internasjonale kilder for forskningsmidler.
En tilleggstrategi er å søke samarbeid med hovedsakelig eksperimentelle
forskningsgrupper som ønsker å få utført modellering, og kanskje få utdannet egne modellerere. Slike grupper vil selv kunne finansiere doktorstudenter som får sin utdanning hos oss. Vi har allerede slike stipendiater og post.doc-er.
Vi tar sikte på at forskerskolen skal ha en egen internettside under www.umb.no som kontinuerlig holdes oppdatert, med linker til hvert av forskningsmiljøene i skolen og der ledige stipendstillinger blir annonsert. Vi tror dette er et viktig tiltak for å gjøre skolen synlig og for å trekke til oss dyktige studenter.
3. Seminarserie
Som et ledd i forskerskolen vil det bli arrangert attraktive seminarserier med interne og eksterne gjesteforelesere, workshops, sommerskoler, med mer. Slike faglig
attraktive arrangementer vil trolig interessere andre forskere og studenter på UMB og bidra til økt faglig kontakt på campus.
SysBiForum skal være et internt forum for alle lærere og studenter i FS-SysBi og de andre forskerskolene FS-SysBi samarbeider med. Hensikten med SysBiForum er å gi alle studenter anledning til å legge fram prosjektplaner og forskningsresultater.
SysBiForum planlegges arrangert ukentlig på UMB til fast tid og sted.
4. Graduate School in Genomics and Bioinformatics
Vi har allerede uformell avtale om å inngå et fast samarbeid med Graduate School in Genomics and Bioinformatics ved Universitetet i Göteborg. Denne skolen har eksistert i omlag 5 år, og har fått svært gode evalueringer. I følge halvtidsevalueringa i 2005 har skolen ført til over 60 publikasjoner i ansette tidsskrift, arrangert 14 kurs og 12 "åpne dager" med over 800 deltakere. I 2005 hadde skolen 25 fullt finansierte studenter og 22 med annen finansiering. Gjennom samarbeidet vil vi dra nytte av svenskenes erfaringer, og også arrangere felles kurs og samlinger. Endelig vil samarbeidet kunne gi støtet til felles forskningsprosjekter og vil bidra til å styrke samarbeidet mellom
Oslo-regionen og Göteborg-regionen i Medcoast.
5. Planer for utvikling av prosjektportefølje
Fagmiljøet har allerede en stor portefølje med forskningsprosjekter med kombinerte eksperimentelle og matematiske (i vid forstand) studier. Den videre utvikling av porteføljen er vanskelig å forutsi i detalj, blant annet fordi vår erfaring er at mange av de mest spennende og lovende forskningsprosjektene kan oppstå raskt og uventet i møter mellom modellerere og eksperimentalister. Når slike muligheter oppstår, bør de gripes. Likevel, av eksempler på nye planlagte prosjekter kan nevnes:
Metodeutvikling
• Utvikling av nye og bedre estimerings- og analysemetoder for store systemer av differensial-likninger (som ofte beskriver komplekse biologiske systemer) ved hjelpe av multivariate teknikker fra kjemometri og biospektroskopi, blant annet basert på såkalte ’alternating’ og ’partial least squares’-prinsipper og
’Parafac’-metodikk.
• Systembiologisk bruk av nye biospektroskopiske måleteknikker (FTIR, Raman, flerkanals fluorescence, MS, NMR og billeddannende versjoner av noen av disse) til å studere biologiske prosesser og deres regulering. Dataene vil kunne brukes til å modellere prosesser i for eksempel genetisk modifiserte mikroorganismer og samfunn av slike og i cellevevskulturer.
• Systematisk innføring av kostnadseffektive arbeidsmåter for eksperimentelle studier slik at (A) tusener av prøver (genotyper × miljøer) billig og raskt kan undersøkes med høydimensjonal biospektroskopi, (B) representative og
spesielt interessante prøver kan følges eksperimentelt med dyrere teknikker fra genomikk, proteomikk, elektrofysiologi osv. over tid, og (C) noen få genotyper kan velges ut for detaljert mekanistisk eksperimentering og modellering.
• Utvikling av matematiske metoder for ekstrahering av informasjon om underliggende aktivitet i nerveceller og kretser av nerveceller basert på målinger av elektrisk aktivitet (for eksempel, EEG).
• Videreutvikling av nevrosimulatoren NEST (http://www.nest-initiative.org/) for studier av store nervecellenettverk, blant annet for effektiv utnyttelse av parallelle datamaskinarkitekturer som på vår egen parallellregnemaskin Caspar (HP AlphaServer GS1280, 8 prosessorer, 32GB RAM).
• Matematisk analyse av hybride systemer og genregulatoriske nettverk med binære og sigmoide responsfunksjoner, tidsforsinkelser og eksterne kontroller.
Modellstudier
• Utvikling av biologisk realistisk modell for vekselvirkningen mellom gliaceller og nerveceller både i normale og patologiske situasjoner (videreføring av pågående prosjekt).
• Utvikling av et hierarki av gjensidig koblede modeller på ulikt biologisk detaljnivå for (A) en modul (tverrsnitt på ~ 1 mm2) i rotters hjernebark og (2) en del av synsfeltet i det tidlige synssystem hos pattedyr (netthinne-thalamus- hjernebark)
• Studier av generiske egenskaper til forenklede modeller for nervecellekretser i hjernebarken ved metoder fra ikke-lineær matematikk
• Utvikling av modeller for hvordan såkalte ”place-cells” i hjernedelen hippocampus, knyttet til hukommelse, genereres.
• Systembiologisk modellering av genregulering og metabolisme hos denitrifikasjonsbakterier.
6. Forholdet til de andre forskerskolene
Vi vil om nødvendig ta initiativ til kontakt med de andre forskerskolene som blir etablert på UMB for å trekke grenser mellom fagområdene, utveksle erfaringer og utnytte synergieffekter.
Søknadsskjema
6for status som forskerskole ved UMB
ORGANISASJON
Navn på faglig leder7 Tormod Ådnøy Vertsinstitutt IHA
Partnerinstitutt(er) IPM, INA
Vitenskapelig ansatte8 ved UMB som skal inngå i forskerskolen
Navn Tittel Institutt
Odd Arne Rognli 1.aman. IPM
Åsmund Bjørnstad Prof. IPM
Helge Skinnes Forskar IPM
Morten Lillemo Postdok IPM
Heidi Rudi Postdok IPM
Siri Fjellheim Postdok IPM
Åshild Ergon Forskar IPM
Manfred Heun Prof. INA
Øivind Andersen Prof. IHA/APC/Akvaforsk
Odd Vangen Prof. IHA
Theo Meuwissen Prof. IHA/Cigene
Stig Omholt Prof. IHA/Cigene
Sigbjørn Lien Prof. IHA/Cigene
Dag Ingve Våge Prof. IHA/Cigene
Hans Magnus Gjøen Prof. IHA/Cigene
Gunnar Klemetsdal Prof. IHA/Cigene
Jørgen Ødegård 1.aman. IHA
Bjørg Heringstad Forskar IHA
Hilde Sundvoll Forskar IHA
John Woolliams /Prof.II Roslin/IHA
Daniel Gianola /Prof.II Univ.Wisconsin/IHA
Vessela Kristensen Seniorforskar/Prof.II Genetisk Inst., Radiumhosp./IHA
Ingunn Berget Postdok Cigene
Tu Luan Postdok IHA/Cigene
6 Søknadsskjemaet er ment som et utgangspunkt for søknaden og kan tilpasses etter behov.
7 Faglig leder må være fast ansatt ved UMB i professor eller førsteamanuensis stilling.
8 Med vitenskapelig ansatte menes alle i fagmiljøet som har fullført doktorgrad, også midlertidige ansatte.
Joachim Guy Almergren Forskar IHA/Cigene
Hanne Gro Olsen Forskar IHA/Biobank
Siri Kulberg Forskar IHA/Biobank
Ingrid Olesen /Prof.II Akvaforsk/IHA
Bjarne Gjerde /Prof.II Akvaforsk/IHA
Kari Kolstad Forskningsledar/1.aman.II Akvaforsk/IHA
Anna Sonesson Seniorforskar Akvaforsk
Thomas Moen Forskar Cigene/Akvaforsk
Are Aastveit Prof. IKBM
Forskere utenfor UMB som skal inngå i forskerskolen
Navn Tittel Institusjon/bedrift
Torstein Steine Avdelingsledar avl Geno
Erling Sehested Avlsforskar Geno
Morten Svendsen Avlsforskar Geno
Ina MA Ranberg Avlsforskar Norsvin
Eli Grindflek Forskar Norsvin
Thor Blichfeldt Avlssjef Norsk Sau og Geit
Arild Larsen Planteforedlar Graminor
Petter Marum Planteforedlar Graminor
Tore Skrøppa Avdelingsdirektør Norsk Genressursenter
Erling Fimland Direktør Nordisk Genbank - Husdyr
Hvor mange stipendiater inngår i forskningsmiljøet9 nå?
Stipendiat Institusjon Veileder Forventet
disputas
Anna Lewandowska IPM Odd Arne Rognli 2010
Simen Rød Sandve IPM Odd Arne Rognli 2010
Abdelhameed Elameen
IPM/Bioforsk Odd Arne Rognli 2008
NN (tilsetjing haust
2006) IPM/Bioforsk Odd Arne Rognli 2010
Fetien Abay IPM Åsmund Bjørnstad 2007
Weston Mwase IPM Åsmund Bjørnstad 2008
Dereje Asefa IPM Åsmund Bjørnstad 2008
Berhanu Abate IPM Bjørnstad/Aastveit 2007
Andargachew
Gebedo IPM M.Appelgren/Bjørnstad 2007
9 Med forskningsmiljø menes ansatte og studenter, faste og midlertidige, som naturlig hører med til fagmiljøet rundt de forskerne (både UMB ansatte og eksterne forskere) som inngår i forskerskolen.
Jørn Henrik Sønstebø INA Manfred Heun 2007
Esther Nakamatte INA K. Lye & M. Heun 2009
Mary Namaganda INA K. Lye & M. Heun 2007
Merha Zerabruk IHA Odd Vangen 2007
Nina Hovden Sæter IHA Vangen/Fimland 2007
Eli Gjerlaug-Enger IHA/Norsvin Odd Vangen 2008
Marie Lillehammer IHA Theo Meuwissen 2007
Trygve R Solberg IHA Theo Meuwissen 2008
Håvard Tajet IHA/Geninova Meuwissen/Lien 2008
Eivind Uleberg IHA Theo Meuwissen 2007
Arne Gjuvsland IHA/Cigene Erik Plahte/Omholt 2007 Hannah Rajasingh IHA/Cigene Erik Plahte/Omholt 2007
Maren Moe IHA/Norsvin Lien /Grindflek 2008
Ina Kirsten Sundal Widerøe
IHA Lien /Grindflek 2008
Heidi Nilsen IHA Sigbjørn Lien 2007
Johanna Samulin IHA Lien/Sundvoll 2007
Silje Brenna Hansen IHA Sigbjørn Lien 2009
Monica Aa. Opsal IHA Dag Inge Våge 2007
Fassil Bekele Ambaye IHA Hans Magnus Gjøen 2009
Sang Van Nguyen IHA Hans Magnus Gjøen 2009
Anders Skaarud IHA Hans Magnus Gjøen 2009
Signe Ulse Narvestad Ask
IHA/Norsk Kjøtt Gunnar Klemetsdal 2007
Marte Holtsmark IHA Gunnar Klemetsdal 2007
Hanne Fjerdingby Olsen
IHA/Det norske travselskap
Gunnar Klemetsdal 2007 Inger Anne Boman IHA/NSG Gunnar Klemetsdal 2008
Sigbjørn Eikje IHA/NSG Tormod Ådnøy 2007
Luan Dinh Tran IHA/Akvaforsk Ingrid Olesen 2009 Lise Grøva IHA/NORSØK/Akvaforsk Ingrid Olesen 2010
Gro Steine IHA/Akvaforsk Kari Kolstad 2007
Skugor Stanko IHA/Akvaforsk - 2010
Vibeke Skagemo IHA/Akvaforsk Anna Sonesson 2009 Tone-Kari Østbye IHA/Akvaforsk Øivind Andersen 2007 Helene Haug
Pagander
IHA/Akvaforsk Øivind Andersen 2007 Ola Frang Wetten IHA/Akvaforsk Øivind Andersen 2009
I tillegg kjem gjesteopphald ved UMB for stipendiatar frå universitet som vi har samarbeid med. P.t. er det for eksempel 1 frå Tyrkia og 2 frå Bosnia ved IHA på 1 semesters opphald.
Det kan vera fleire som ikkje er registrert her nå.
Hvor mange stipendiater har
disputert fra forskningsmiljøet9 de siste 5 år? (sett X)
Under 5
Mellom 5 og 10
Mellom 10 og 20 X
Over 20
FAGLIG PROFIL
Gi en kort beskrivelse av forskningsmiljøets faglige profil Genetikk-forskarskulen på UMB
Denne inkluderer husdyravl (og oppdrettsfisk), planteforedling (inkludert skog),
genomkartlegging, forvalting av genresursar, og genetikk/genomikk brukt i studiar av ville plantar og dyr (inkludert fisk).
Fagdisiplinar er populasjonsgenetikk, kvantitativ genetikk, genomikk og molekylærgenetikk.
Å byggja bru mellom den tradisjonelle kvantitative genetikken og den nye kunnskapen frå molekylærgenetikken om kva variantar av enkeltgen som finst i organismane vil vera ei av dei store utfordringane for både forskarar og stipendiatar i forskarskulen.
Kunnskap om utnytting av genotypeinformasjon i avl/foredling, om optimering av avlsplanar, og anna med tilknyting til husdyravl og planteforedling høyrer naturleg med.
Tilpassing av individ til miljø/klima og resistens mot sjukdom er aktuelle problemstillingar både for plantar og enkelte husdyr og fisk. Genetiske diversitetsstudiar har nytte både blant ville populasjonar og i kultiverte populasjonar.
Regulatorisk biologi er tilgrensande felt som det er naturleg å ha eit samarbeid med. Andre emneområde av interesse er matematisk modellering, matematisk statistikk, simulering, informatikk, o.a.
Stipendiatar og forskarar som naturleg høyrer til i forskarskulen:
Dei som har foredling/avl av plantar og dyr ved bruk av slekstskap og geninformasjon som fag
Dei som bruker geninformasjon i forvalting av kulturplantar og husdyr Dei som bruker geninformasjon til forvalting av ville populasjonar I tillegg kan ein del av teknikkane overførast også til human genetikk.
I hvilken grad vil forskerskolen gi merverdi i forhold til eksisterende PhD utdanning på området?
Ved å knyta kontakt mellom genetikkmiljøa innan husdyr og planter (inkludert
skoggenetikk), og dei som bruker genetikk /genomikk og avlsmetode i genresursforvalting og for studiar av ville dyr og plantar vil ein få eit stort forum for utveksling av kunnskap og resursar. Det er eit klart felles fokus på gen, effekten av gen og utnyttinga av slike effektar.
Ved å få eit felles forum kan ein setja det som alt finst av kunnskap og rutinar i eit felles system.
Kontakt over art og disiplin kan vera fruktbart fordi kunnskap kan overførast. Ei rasjonalisering kan oppnåst for delar av undervisninga, – og fordi ein kan overføra
velfungerande rutinar frå eit institutt til eit anna. Ei katalogfesting av tilgjengelege emne for alle institutt er eit eksempel.
SAMARBEID
Gi en kort beskrivelse av planer for samarbeid10
• Innad på UMB
• Med andre FoU institusjoner i Norge
• Med FoU institusjoner i utlandet
• Med forvaltning/næringsliv
• Innad på UMB IHA, IPM, INA
Det skal vera representantar frå stipendiatar og vitskapleg personale i styret for forskarskulen.
Det vil bli arrangert fagseminar i regi av forskarskulen, og ein vil sørgja for at relevante seminarseriar som går på enkelte institutt blir annonserte gjennom forskarskulenettverket.
Det vil bli ein gjennomgang av relevante emne på 300 og 400-nivå som blir gitt nå. Ei koordinering, evt. komplettering eller endring av desse emna må drøftast.
Ei formalisering av enkelte emne som i dag blir gitt ad hoc slik at dei kjem i studiekatalogen kan vera aktuelt.
• Med andre FoU institusjoner i Norge Cigene / Fuge-plattformen for genotyping
Samarbeid om seminar, om eksisterande stipendiatar med tilknytning til Cigene, og evt om søknad om nye stipendiatprosjekt
Akvaforsk
Har mange prosjekt innan- og utanlands der det er avlsstipendiatar inne. Dei er ein naturleg del av forskarskulenettverket.
FoU-avdelingane til husdyravlsorganisasjonane (Geno, Norsvin, NSG og lakseavlsorganisasjonane)
Dei vil vera involverte ved at dei har prosjekt med stipendiatar i, og ved at dei har ønske om å kunna rekruttera gode medarbeidarar med PhD i framtida.
• Med FoU institusjoner i utlandet
Mange av dei deltakande institutta har samarbeid med utlandet. Dette gjer at ein har samarbeid om forskingsprosjekt der stipendiatar er med, og at stipendiatar blir utveksla for å få råd i andre fagmiljø og å ta kurs i andre land.
Det er aktuelt å peika på slikt samarbeid – kanskje først og fremst i seminar på forskarskulen Eksempel på slike institusjonar:
University of Minnesota University of Wisconsing Roslin (Edinburg)
INRA – Frankrike
Universidad Politecnica de Valencia John Innes Centre (UK)
Institute of Grassland and Environmental Research (UK)
• Med forvaltning/næringsliv
10 Det er ikke et krav at det skal være samarbeid med alle disse grupperingene. Det er et krav at det må være samarbeid med minst en annen gruppering (enten intern eller ekstern), og det er ønskelig at forskerskolen er et reelt nettverk med både eksterne og interne grupperinger representert. Planer for samarbeid vil bli lagt til grunn for prioritering av søknadene (se Kriterier for forskerskoler ved UMB)
Husdyravlsorganisasjonane:
- Geno, - Norsvin,
- Norsk Sau og Geit,
- Lakseavlsorganisasjonane, dersom dei ønsker det (må avklarast) Bioforsk om planteforedling – dette er uavklart, men bør undersøkjast Nordisk Genbank
- planter - husdyr
Graminor AS om planteforedling Norsk genressursenter
Nordisk Genbank - kulturplanter - husdyr
BUDSJETT
Utgiftspost Beløp
Til seminar og temasamlingar 50000
Sekretær (kompensasjon til institutt) 25000 Ledar (kompensasjon til institutt) 25000
Søknadssum 100000
PLANER FOR FORSKERSKOLEN
(planer for aktiviteter knyttet til forskerskolen, planer for rekruttering, planer for utvikling av prosjektportefølje m.m.)
Temasamlingar
Samlingar om tema innan genetikk som er av interesse for fleire av fagfelta i forskarskulen.
Eksterne personar det er aktuelt å invitera til å ha innlegg er: Michel Georges (Liège-
universitetet), Leif Andersson (Uppsala-universitetet), men òg fleire av våre eigne er aktuelle.
Dette må drøftast med styret i forskarskulen. Eit mål vil vera å finna tema som er i
forskningsfronten, gjerne i skjæringsfeltet mellom genominformasjon og kvantitativ genetikk.
Tema kan gjerne vera kontroversielle og innleiarane poengterte.
Avhengig av kva seminarseriar PhD-studentane elles bidrar til, kan det vera aktuelt med eigne fora for PhD-studentar for presentasjon av eige arbeid.
Felles kurs
Vurdera om ein kan ha eit felles kurs i genetikk som kan vera del av studieplanen til stipendiatane
- for å virka identitetsskapande
- for å fremja kontakten mellom stipendiatar og veiledarar frå fleire institutt
Sosialt nettverk
Det sosiale nettverket er viktig, men mange er først og fremst motivert av det faglege. Det vil bli drøfta om ein kan få til ’suppe eller wienarbrød’ som ein sosial katalysator i tilknyting til forskarskulen. Faglege turar er ein alternativ måte å få kontakt på. ’Sommarskule’ ein tredje.
Regelverk og rutinar
Gjennomgang av internt regelverk og rutinar for stipendiatar og oppfølginga av dei - det vil vera ein del å vinna på ei samordning av erfaringane frå dei ulike institutta - rutinar og tiltak som kan hjelpa til med å styrkja sjølvkjensla til stipendiatane skal
vurderast
- oppfanging av problem og konfliktar i samband med stipendiatopplegg og forslag til løysing av dei
NOVA, Nordforsk
- Nova-kursa som går må inkluderast i planane for forskarskulen
- Nordiske forskarkurs i husdyravl har gått kvart år sidan 1969, og i planteforedling sidan 1975, i dei nordiske landa (kvart 4. eller 5. år i Noreg).
Vurdera behov for nye kurs som kan søkjast i NOVA, Nordforsk, eller andre kjelder for finans for å styrkja forskarskulen.
NFR
Forskarskulen kan vera eit forum for initiativ til søknadar – . Cigene
- genomdata som blir generert av Fuge-plattformen ved Cigene er eit felles kontaktpunkt for ein del av stipendiatane i forskarskulen
- dei faglege aktivitetane på Cigene er aktuelle element i forskarskulen Akvaforsk
- har prosjekt innan avl og genetikk med stipendiatar som er sentrale for forskarskulen
Organisering
Eit styre med 3 stipendiatar og ein vitskapleg tilsett i tillegg til ledar vedtar planar for forskarskulen. Medlemene bør representera fleire fagfelt innan forskarskulen. IHA (evt.
UMB) sitt styre nemner opp styret etter forslag frå institutta.
Det er ein deltidssekretær for forskarskulen som og er sekretær for styret.
Ledaren har deltidskompensasjon for innsatsen i forskarskulen.
Forskarskulen på det nåverande tidspunkt må finna si form innan dei gitte rammene. Styret vil gjera sine erfaringar og leggja premiss for vidare drift.
